PL EN


Preferencje help
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników
2011 | 19 | 1 |
Tytuł artykułu

Use of the rep-PCR technique for differentiating isolates of rhizobacteria

Warianty tytułu
PL
Zastosowanie techniki rep-PCR do odrozniania izolatow bakterii rizosferowych
Języki publikacji
EN
Abstrakty
EN
In this study, the rep-PCR technique was used to differentiate isolates of bacteria belonging to genus Pseudomonas and phosphate-dissolving bacteria collected from the root vicinity of apple and sour cherry trees. DNA amplification was carried out with complementary primers for repetitive sequences: REP (repetitive extragenic palindromic sequence), ERIC (enterobacterial repetitive intergenic consensus) and the BOX element. The most differentiated DNA profiles were observed when using REP1R-I and REP2-I primers, in reactions with which 25 different DNA patterns were obtained for 28 isolates. In reactions with the primers ERIC1R and ERIC2 or BOXA1R, 24 and 22 patterns were obtained, respectively. Following the use of all the primers, no differences were found in the DNA profiles of two isolates of Pseudomo­nas bacteria and three isolates of phosphate-dissolving bacteria. This result suggests that the isolates in which no DNA polymorphism was observed belong to the same bacterial strain.
PL
W pracy zastosowano technikę rep-PCR do odróżnienia izolatów bakterii Pseu­domonas oraz bakterii rozpuszczających związki fosforu, pozyskanych z gleby ze strefy korzeniowej drzew jabłoni i wiśni. Amplifikację DNA wykonano z użyciem starterów komplementarnych do sekwencji powtarzalnych: REP (repetitive extragenic palindromic sequence), ERIC (enterobacterial repetitive intergenic consensus) oraz elementu BOX. Najbardziej zróżnicowane profile DNA obserwowano używaj ąc star­terów REP1R-I i REP2-I, w reakcjach z którymi uzyskano 25 wzorów DNA dla 28 izolatów. W reakcjach ze starterami ERIC1R i ERIC2 (24) oraz BOXA1R (22) otrzymano odpowiednio 24 i 22 wzory. Po zastosowaniu wszystkich starterów nie stwierdzono różnic w profilach DNA dwóch izolatów bakterii z rodzaju Pseudomonas oraz trzech izolatów bakterii rozpuszczaj ących związki fosforu. Wynik ten sugeruje, że izolaty, u których nie obserwowano polimorfizmu DNA, należą do tego samego szczepu bakterii.
Wydawca
-
Rocznik
Tom
19
Numer
1
Opis fizyczny
p.5-12,fig.,ref.
Twórcy
autor
  • Research Institute of Horticulture, Department of Pomology, Pomologiczna 18, 96-100 Skierniewice, Poland
autor
autor
autor
autor
autor
Bibliografia
  • Adiguzel A., Ozkan H., Baris O., Inana K., Gulluce M., Sahin F. 2009. Identification and characterization of thermophilic bacteria isolated from hot springs in Turkey. J. MICROBIOL. METH. 79: 321-328.
  • Brumlik M.J., Szymajda U., Zakowska D., Liang X., Redkar R.J., Patra R. J., Del Vecchio V.G. 2001. Use of long-range repetitive element polymorphism-PCR to differentiate Bacillus anthracis strains. APPL. ENVIRON. MICRO- BIOL. 67: 3021-3028.
  • De Bruijn F. 1992. Use of repetitive (Repeti­tive extragenic palindromic and entero- bacterial repetitive intergeneric consen­sus) sequences and the polymerase chain reaction to fingerprint the genomes of Rhizobium meliloti isolates and other soil bacteria. APPL. ENVIRON. MICRO- BIOL. 58:2180-2187.
  • Gould W.D., Hagedorn C., Bardinelli T.R., Zablotowicz R.M. 1985. New selective media for enumeration and recovery of fluorescent Pseudomonads from vari­ous habitats. APPL. ENVIRON. MICROBIOL. 49: 28-32.
  • Hankin L., Zucker M., Sands D.C. 1971. Improved solid medium for the detection and enumeration of pectolytic bacteria. APPL. MICROBIOL. 22:205-209.
  • Husen E. 2003. Screening of soil bacteria for plant growth promoting activities in vitro. INDON. J. AGRIC. SCI. 4:27-31.
  • Joseph B. Ranjan Patra R., Lawrence R. 2007. Characterization of plant growth promoting rhizobacteria associated with chickpea (Cicer arietinum L.). INTER. J. PLANT PRODUC. 2:141-152.
  • Louws F.J., Fulbright D.W., Stephens C.T., de Bruijn F. 1994. Specific genomic fin­gerprints of phytopathogenic Xanthomo- nas and Pseudomonas pathovars and strains generated with repetitive sequences and PCR. APPL. ENVIRON. MICROBIOL. 60:2286-2295.
  • Louws F.J., Fulbrught D.W., Stephens C.T., de Bruijn F.J. 1995. Differentia­tion of genomic structure by rep-PCR fingerprinting to rapidly classify Xan- thomonas campestris pv. vesicatoria. PHYTOPATHOL. 85: 528-536.
  • Martin B., Humbert O., Camara M., Guenzi E., Walker J., Mitchell T., An­drew P., Prudhomme M., Alloing G., Hakenbeck R., Morrison D.A., Boulnois G.J., Claverys J-P. 1992. A highly conserved repeated DNA element located in the chromosome of Strepto­coccus pneumoniae. NUCLEIC ACID RES. 20: 3479-3483.
  • Meintanis C., Chalkou K.I., Kormas K.Ar., Lymperpoulou D.S., Katsifas E.A., Hatzinikolaou D.G., Karagouni A.D. 2008. Application of rpoB sequence similarity analysis, REP-PCR and BOX- PCR for the differentiation of species within the genus Geobacillus. LETT. APPL. MICROBIOL. 46: 395-401.
  • Olczak-Woltman H., Masny A., Barto­szewski G., Plócienniczak A., Niemi- rowicz-Szczytt K. 2007. Genetic diver­sity of Pseudomonas syringae pv. lachrymans strains isolated from cucumber leaves collected in Poland. PLANT PATH. 56: 373-382.
  • Pooler M.R., Ritchie D.F., Hartung J.S. 1996. Genetic relationships among strains of Xanthomonas fragariae based on Random Amplified Polymor­phic DNA PCR, Repetitive Extragenic Palindromic PCR, and Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR data and generation of multiplexed PCR primers useful for the identification of this phytopathogen. APPL. ENVIRON. MICROBIOL. 62: 3121­3127.
  • Reyes-Ramirez A., Ibarra J. 2005. Finger­printing of Bacillus thuringiensis type strains and isolates by using Bacillus cereus group-specific repetitive ex- tragenic palindromic sequence-based PCR analysis. APPL. ENVIRON. MICROBIOL. 71: 1346-1355.
Typ dokumentu
Bibliografia
Identyfikatory
Identyfikator YADDA
bwmeta1.element.agro-d4aeac73-259e-4400-b7da-113b06058443
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.