PL EN


Preferencje help
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników
2007 | 517 | 2 |

Tytuł artykułu

Wykorzystanie metod ISSR i RAPD oraz analizy rodowodow do oceny podobienstwa miedzyodmianowego Avena sativa L.

Autorzy

Warianty tytułu

EN
Avena sativa L. cultivars similarity estimation based on RAPD and ISSR methods and pedigree analysis

Języki publikacji

PL

Abstrakty

PL
W pracy przedstawiono analizę porównawczą trzech systemów oceny podobieństwa genetycznego. Podobieństwo genetyczne 12 polskich odmian owsa zwyczajnego oszacowano na podstawie polimorfizmu markerów molekularnych: RAPD i ISSR oraz w oparciu o dane rodowodowe odmian. Średnie podobieństwo odmian określone na podstawie markerów ISSR wyniosło 0,933, zaś oszacowane w oparciu o polimorfizm markerów RAPD było nieznacznie niższe i wyniosło 0,912. Wartość współczynników rodzicielstwa określonych na podstawie danych rodowodowych była zdecydowanie niższa, aniżeli oszacowana w oparciu o polimorfizm markerów molekularnych i wyniosła średnio 0,142. Najwyższą, statystycznie istotną korelację (0,66) zaobserwowano pomiędzy matrycami indeksów podobieństwa oszacowanymi w oparciu o polimorfizm markerów ISSR i RAPD. Korelacje pomiędzy matrycą uzyskaną na podstawie rodowodów oraz matrycami uzyskanymi w oparciu o markery molekularne również były istotne, co pozwala wnioskować, że każda z wymienionych metod może być stosowana oddzielnie do oceny podobieństwa genetycznego.
EN
In the paper a comparative analysis of three genetic similarity assessement systems is presented. Genetic similarity of 12 Polish cultivars of Avena sativa L. was established based on RAPD and ISSR molecular markers and pedigree data. Mean cultivar similarity estimation based on ISSR markers was 0.933, and the one derived from RAPD was a little lower 0.912. The mean value of coefficient of parentage (COP) was considerably lower than molecular marker polimorphism-based genetic similarities and amounted to 0.142. The highest and significant correlation coefficient (0.66) was established between genetic similarities calculated from RAPD and ISSR molecular data. Coefficients of correlation between COP matrix and genetic similarity matrices derived from molecular markers were also significant. It allows a conclusion, that each method used in this studies can be apllied separately for genetic similarity assessement.

Wydawca

-

Rocznik

Tom

517

Numer

2

Opis fizyczny

s.547-558,rys.,fot.,tab.,bibliogr.

Twórcy

  • Instytut Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roslin, Akademia Rolnicza, ul.Akademicka 15, 20-934 Lublin

Bibliografia

  • Almanza-Pinzón M.I., Khairallah M., Fox P.N., Warburton M.L. 2003. Comparison of molecular markers and coefficients of parentage for the analysis of genetic diversity among spring bread wheat accessions. Euphytica 130: 77-86.
  • Barrett B.A., Kidwell K.K., Fox P.N. 1998. Comparison of AFLP and pedigree-based genetic diversity assessment methods using wheat cultivars from the Pacific Northwest. Crop Sci. 38: 1271-1278.
  • Cao D., Oard J.H. 1997. Pedigree and RAPD-based DNA analysis of commercial U.S. rice cultivars. Crop Sci. 37: 1630-1635.
  • Cox T.S., Lookhart G.L., Walker D.E., Harrell L.G., Albers L.D., Rodgers D.M. 1985. Genetic relationships among hard red winter wheat cultivars as evaluated by pedigree analysis and gliadin polyacrylamide gel electrophoretic patterns. Crop Sci. 25: 1058-1063.
  • Cox T.S., Murphy J.P. 1990. The effect of parental divergence on F₂ heterosis in winter wheat crosses. Theor. Appl. Genet. 79: 241-250.
  • Decani C., Rownald L.J., Levi A., Hortyński J.A., Galletta G.J. 1998. DNA fingerprinting of strawberry (Fragaria x ananassa) cultivars using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. Euphytica 102(2): 247-253.
  • Decani C., Rownald L.J., Saunders J.A., Hokanson S.C., Ogden E.L., Golan-Gold-Hirsh A., Galletta G.J. 2001. A comparison of genetic relationship measures in strawberry (Fragaria x ananassa Duch.) based on AFLPs, RAPDs and pedigree data. Euphytica 117: 1-12.
  • Dreisigacker S., Zhang P., Warburton M.L., Van Ginkel M., Hoisington D., Bohn M., Melchinger A.E. 2004. SSR and pedigree analyses of genetic diversity among CIMMYT wheat lines targeted to different megaenvironments. Crop Sci. 44: 381-388.
  • Dweikat I., Mackenzie S., Levy M., Ohm H. 1993. Pedigree assessment using RAPD- DGGE in cereal crop species. Theor. Appl. Genet. 85: 497-505.
  • Fernandez M., Figueiras A., Benito C. 2002. The use of ISSR and RAPD markers for detecting DNA polymorphism, genotype identification and genetic diversity among barley cultivars with known origin. Theor. Appl. Genet. 104: 845-851.
  • Graner A., Ludwig W.F., Melchinger A.E. 1994. Relationships among European barley germplasm. II. Comparison of RFLP and pedigree data. Crop Sci. 34: 1199-1205.
  • Liu Z.Q. 1999. Relationship between hybrids performance and gentetic diversity based on RAPD markers in wheat, Triticum aestivum. Plant Breeding 124: 112-118.
  • Marsan P.A., Livini C., Messmer M.M., Mechinger E., Franceschini P., Monfredini G., Motto M. 1992. Comparison between cluster analyses from RFLP and pedigree data of inbred lines related to stiff stalk synthetic heterotic group. Maize Genet. Crop Newslett. 66: 18-20.
  • Martin J.M., Blake T.K. Hockett E.A. 1991. Diversity among North American spring barley cultivars based on coefficients of parentage. Crop Sci. 31: 1131-1137.
  • Milligan B.G. 1992. Plant DNA isolation, w: Molecular analysis of populations: a practical approach. IRL Press, Oxford, UK: 59-88.
  • Murphy J.P., Cox T.S., Rodgers D.M. 1986. Cluster analysis of red winter wheat cultivars based upon coefficients of parentage. Crop Sci. 26: 672-676.
  • Nei M., Li W.H. 1979. Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases. Proc. Natl. Acad. Sci. 76: 5269-5273.
  • O'Donoughue L.S., Souza E., Tanksley S.D., Sorrells M.E. 1994. Relationships among North American oat cultivars based on restriction fragment length polymorphisms. Crop Sci. 34: 1251-1258.
  • Pradeep Reddy M., Salara N., Siddiq E. A. 2002. Inter simple sequence repeat (ISSR) polymorphism and its application in plant breeding. Euphytica 128: 9—17.
  • Rodgers D.M., Murphy J.P., Frey K.J. 1983. Impact of plant breeding on the grain yield and genetic diversity of spring oats. Crop Sci. 23: 737-740.
  • Rohlf F.J. 2001. NTSYS-pc numerical taxonomy and multivariate analysis system. Version 5.1. Exeter Publishing Ltd., Setauket, N.Y.
  • Schut J.W., Qi X., Stam P. 1998. Association between relationship measures based on AFLP markers, pedigree data and morphological markers. Theor. Appl. Genet. 95: 1161-1168.
  • Soleimani V.D., Baum B.R., Johnson D.A. 2002. AFLP and pedigree-based genetic diversity estimates in modern cultivars of durum wheat [Triticum turgidum L. subsp. durum (Desf.) Husn.]. Theor. Appl. Genet. 104: 350-357.
  • Souza E., Sorrells M.E. 1989. Pedigree analysis of North American oat cultivars released from 1951 to 1985. Crop Sci. 29: 595-601.
  • Sztuba-Solińska J. 2005. Systemy markerów molekularnych i ich zastosowanie w hodowli roślin. Kosmos 54(2-3): 227-239.
  • Tinker N.A., Fortin M.G., Mather D.E. 1993. Random amplified polymorphic DNA and pedigree relationships in spring barley. Theor. Appl. Genet. 85: 976-84.
  • Williams J.G.K., Kubelik A.R., Livak K.J., Rafalski J.A, Tingey S.V. 1990. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucl. Acid. Res. 18: 6531-6535.
  • Zietkiewicz E., Rafalski A., Labuda D. 1994. Genome fingerprinting by simple-sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain reaction amplification. Genomics 20: 176-183.

Typ dokumentu

Bibliografia

Identyfikatory

Identyfikator YADDA

bwmeta1.element.agro-article-f93fe06a-8a74-441c-9443-3dde61d6e456
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.