Zroznicowanie profili jednoniciowego DNA [SSCP] wybranych genow locus waa zwiazanych z wytwarzaniem lipopolisacharydu u paleczek Klebsiella pneumoniae

• Autorzy: Gierczynski R. , Kaluzewski S. , Zasada A.A. , Rastawicki W. , Jagielski M.

Warianty tytułu

EN

Single strand conformation polymorphism of selected genes of the Klebsiella pneumoniae cluster waa for core lipopolysaccharide biosynthesis

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Określono profile ssDNA (SSCP) fragmentów 5 wybranych genów z loci waa związanych z biosyntezą oligocukru rdzenia lipopolisacharydu (LPS) pałeczek Klebsiella. Zbadano 43 szczepy pałeczek K. pneumoniae w tym wybrane wzorcowe szczepy reprezentujące wyróżniane obecnie grupy serologiczne pałeczek K. pneumoniae jak również szczepy epidemiczne oraz izolowane od przypadkowych osób na terenie kraju. Stwierdzono występowanie różnic profili SSCP fragmentów badanych genów występujące zarówno u szczepów referencyjnych jak i epidemicznych. Uzyskane wyniki mogą wskazywać na ograniczone przez dobór naturalny zróżnicowanie badanych genów na poziomie sekwencji nukleotydów, a przez to świadczyć o przydatności analizowanych loci do różnicowania szczepów K. pneumoniae technikami SSCP lub MLST.

EN

We aimed to determine single strand conformation polymorphism (SSCP) of selected waa cluster genes (waaA, waaE, waaL, waaQ and waaZ) involved in core lipopolysaccharide (LPS) synthesis in reference and epidemic strains of Klebsiella pneumoniae. Number of 24 reference strains belonging to serogroups 01, 02a, 02a2e, 02a2e2h, 02a2f2g, 03, 04, 05, 07, 08, and 012 was tested together with 13 epidemic strains from 5 outbreaks and б casual isolates using PCR and Multitemperature- SSCP Based on PCR-SSCP results, from 4 to 8 patterns (genotypes) were distinguished for each analysed gene. Predomination of single genotype ranging from 28% to 76% for waaL and waaE respectively was observed in tested strains. The average predomination for other genes was about 36%. Although no correlation was observed between genotypes and serogroup of tested strains, it is notheworthy that epidemiologically linked isolates belonged to the same genotype. Therefore reported here heterogeneity of tested genes may be potentially useful for K. pneumoniae strains subtyping by SSCP or DNA sequencing.

Słowa kluczowe

PL

DNA jednoniciowy; gen waa; lipopolisacharydy; biosynteza; Klebsiella pneumoniae; struktura genetyczna; metoda SSCP; technika MLST; gen waaQ; gen waaA; polimorfizm genetyczny

• Wydawca: -
• Czasopismo: Medycyna Doświadczalna i Mikrobiologia
• Rocznik: 2006
• Tom: 58
• Numer: 1
• Opis fizyczny: s.33-39,rys.,tab.,bibliogr.

Twórcy

autor

Gierczynski R.

• Panstwowy Zaklad Higieny w Warszawie, ul.Chocimska 24, 00-791 Warszawa

autor

Kaluzewski S.

autor

Zasada A.A.

autor

Rastawicki W.

autor

Jagielski M.

Bibliografia

• 1. Diancourt L, Passet V, Verhoef J i inni. Multilocus sequence Typing of Klebsiella pneumoniae nosocomial isolates. J Clin Microbiol; 43:4178-82.
• 2. Gierczyński R, Jagielski M, Rastawicki W. Ocena przydatności elektroforetycznego rozdziału jednoniciowego DNA z zastosowaniem stopniowanego profilu termicznego (Multitemperature-SSCP) do identyfikacji alleli wybranych genów bakteryjnych. Med Dośw Mikrobiol 2003; 55:147-55.
• 3. Gierczyński R, Kałużewski S, Zasada A i inni. Polimorfizm profili jednoniciowego DNA (SSCP) rejonu locus cps wspólnego pałeczkom Klebsiella pneumoniae u szczepów epidemicznych i przypadkowo izolowanych. Med Dośw Mikrobiol 2005; 57: 153-61.
• 4. Gierczyński R, Kałużewski S, Zasada AA i inni. Występowanie wybranych genów loci waa i wb związanych z wytwarzaniem lipopolisacharydu u referencyjnych i izolowanych z materiału klinicznego szczepów pałeczek Klebsiella pneumoniae. Med Dośw Mikrobiol 2005; 57: 383-393.
• 5. Hansen DS, Mestre F, Alberti S i inm. Klebsiella pneumoniae lipopolysaccharide О typing: revision of prototype strains and O-group distribution among clinical isolates from different sources and countries. J Clin Microbiol 1999; 37: 56-62.
• 6. Kaczanowski R, Trzeciak L, Kucharczyk K. Multitemperature single-strand conformation polymorphism. Electrophoresis 2001; 22: 3539-45.
• 7. Kelly RF, Whitfield C. Clonally diverse rfb gene clusters are involved in expression of a family of related D-galactan O antigens in Klebsiella species. J Bacteriol 1996; 178: 5205-5214
• 8. Merino S, Altarriba M, Izquierdo L i inni. Cloning and sequencing of the Klebsiella pneumoniae 05 wb gene cluster and its role in pathogenesis. Infect Immun, 2000, 68:2435-40.
• 9. Řrskov l. O Antigens in the Klebsiella group. Acta Pathol Microbiol Scand 1954; 34: 145-56.
• 10. Podschun R, Ulmann U. Klebsiella spp. as nosocomial pathogens: epidemiology, taxonomy, typing methods, and pathogenicity factors. Clin Microbiol Rev 1998; 11: 589-603.
• 11. Regue M, Hita В, Pique i inni. A gene, uge, is essential for Klebsiella pnumoniae virulence. Infect Immun 2004; 72: 54-61.
• 12. Regue M, Climent N, Abitiu N i inni. Genetic characterization of the Klebsiella pneumoniae waa gene cluster, involved in core lipopolysaccharide biosynthesis. J Bacteriol 2001; 183:3564-73.
• 13. Shankar-Sinha S, Valencia GA, Janes BK i inni. The Klebsiella pneumoniae O antigen contributes to bacteremia and lethality during murine pneumonia. Infect Immun 2004; 72:1423-30.