Inferring coalescence times from gene trees in two hypothesized subpopulations of vendace [Coregonus albula L.] - a selective, one-site approach

• Autorzy: Kobus W , Brzuzan P
• Języki publikacji: EN

Abstrakty

EN

Data regarding the AluI restriction site polymorphism from a recent study on mitochondrial DNA phylogeographic relatedness of vendace (Coregonus albula L.) populations were re-examined using the coalescent method. Restriction site loss at the AluI recognition sequence was modeled as a mutation, and ancestral information such as time to the most recent common ancestor (TMRCA) and age of the mutation were inferred from gene trees assuming the infinitely-many-sites model of mutation. Coalescent trees were simulated under two evolutionary models using the GENETREE program. One model assumed a panmictic population and the other a subdivided one. The mean values of the TMRCAs did not differ between the two cases and were 2.4; this suggested that the most recent, common ancestor of the present vendace might have lived about 720,000 years ago.

PL

Przodkowie sielawy (Coregonus albula L.) zasiedlającej dzisiaj jeziora Polski pochodzili prawdopodobnie z dwóch odrębnych genetycznie populacji, które przetrwały epokę lodowcową w odizolowanych, nie zamarzniętych schroniskach, a następnie kolonizowały terytorium dzisiejszej Polski podczas ustępowania lodowca (rys. 1). Dane dotyczące polimorfizmu miejsc restrykcyjnych dla endonukleazy AluI regionu regulacyjnego mtDNA uzyskane w cytowanej pracy opracowano ponownie (rys. 2) i wykorzystano do oszacowania czasu do najbardziej współczesnego wspólnego przodka (TMRCA) obu populacji sielawy. Zastosowano metodę koalescencji z uwzględnieniem modelu nieskończonej liczby podstawień nukleotydowych w sekwencji DNA. Rozkłady TMRCA analizowano przy założeniu dwóch modeli ewolucyjnych używając programu GENETREE (Bahlo and Griffiths 2000). Pierwszy model zakładał istnienie populacji panmiktycznej, a drugi populacji podzielonej (rys. 3). Średnie wartości TMRCA nie różniły się w obu przypadkach i wyniosły 2,4. Sugeruje to, że najbardziej współczesny wspólny przodek sielawy obecnie występujący na terenie Polski mógł żyć około 720.000 lat temu (tab. 1).

Słowa kluczowe

EN

mitochondrial DNA; Coregonus albula; ancestral inference; coalescent process; gene tree; vendace

• Wydawca: -
• Czasopismo: Archives of Polish Fisheries
• Rocznik: 2002
• Tom: 10
• Numer: 2
• Opis fizyczny: p.233-240,fig.,ref.

Twórcy

autor

Kobus W

• University of Warmia and Mazury in Olsztyn, Oczapowskiego 5, 10-957 Olsztyn, Poland

autor

Brzuzan P

• University of Warmia and Mazury in Olsztyn, Oczapowskiego 5, 10-957 Olsztyn, Poland

Bibliografia

• Bahlo M., Griffiths R.C. 2000 - Inference from gene trees in a subdivided population - Theor. Pop. Biol. 57: 79-95.
• Bernatchez L., Dodson J. 1994 - Phylogenetic relationships among Palearctic and Nearctic whitefish (Coregonus sp.) populations as revealed by mitochondrial DNA variation - Can. J. Fish. Aquat. Sci. 51 (1): 240-251.
• Brzuzan P., Ciesielski S. 2000 - Mitochondrial DNA sequence from an extinct population of European vendace, Coregonus albula L. - Folia biologica (Cracow) 48:151-154.
• Brzuzan P., Kozlowski J., Fopp D. 2002 - Genetic structure of Polish populations of vendace (Coregonus albula) inferred from mitochondrial DNA - Arch. Hydrobiol. Spec. Issues Advanc. Limnol. 57:1-10.
• Griffiths R.C., Tavaré S. 1998 - The age of a mutation in general coalescent tree - Stoch. Models 14:273-295.
• Nesbø C.L., Fossheim T., Vøllestad A., Jakobsen K.S. 1999 - Genetic divergence and phylogeographic relationships among European perch (Perca fluviatilis) populations reflect glacial refugia and postglacial colonization - Mol. Ecol. 8: 1387-1404.
• Nordborg M. 2001 - Coalescent theory. In: Handbook of Statistical Genetics (Eds. D.J. Balding, C. Cannings & M. Bishop), Wiley, Chichester: 179-212.
• Osinov A.G., Bernatchez L. 1996 - „Atlantic" and „Danubian" phylogenetic groupings of brown trout Salmo trutta complex: Genetic divergence, evolution and conservation - J. Ichthyol. 36: 723-746.
• Tavaré S., Balding D.J., Griffiths R.C., Donnely P. 1997 - Inferring coalescence times from DNA sequence data - Genetics 145: 505-518.
• Vuorinen J., Luczynski M. 1991 - Electrophoretic variation in four Polish populations of vendace (Coregonus albula (L.)) - Acta Hydrob. 33: 77-86.