Polimorfizm profili jednoniciowego DNA [SSCP] rejonu locus cps wspolnego paleczkom Klebsiella pneumoniae u szczepow epidemicznych i przypadkowo izolowanych

• Autorzy: Gierczynski R. , Kaluzewski S. , Zasada A.A. , Rastawicki W. , Jagielski M.

Warianty tytułu

EN

Single strand conformation polymorphism [SSCP] of selected loci of the cps region for capsule synthesis in epidemic and casually isolated strains of Klebsiella pneumoniae in Poland

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Określono profile SSCP wybranych fragmentów (ORF: 1,2,3 i 15) locus cps odpowiedzialnego za wytwarzanie otoczki typu K2 u szczepów K. pneumoniae izolowanych z materialu klinicznego od niemowląt. Wśród 72 badanych szczepów wyróżniono 31 genotypów z czego 11 stwierdzono u 12 szczepów przypadkowo izolowanych podczas gdy szczepy epidemiczne pochodzące z jednego ogniska charakteryzowały się przynależnością do tego samego genotypu. W grupie 54 szczepów epidemicznych wyosobnionych w sześciu ogniskach zakażeń szpitalnych wyodrębniono 15 genotypów, z których większość reprezentowała jedno spośród dwóch głównych odgałęzień dendrogramu.

EN

The SSCP of ORFs 1, 2, 3, 15 from the cps region for capsule biosynthesis was determined for 56 epidemic isolates, 4 reference strains of K. pneumoniae including A5054 and B5055, and 12 strains isolated casually from stool samples. From 6 up to 14 different SSCP-profiles were observed for tested loci, which combined together distinguished 31 SSCP-genotypes. Epidemic strains could be diversified into 15 genotypes whereas 11 genotypes were detected for 12 casual isolates. Strains from the same outbreak belonged to a single genotype. Strains from different outbreaks represented separate genotypes, however majority of them was located in the same main branch of a dendrogram based on the cluster analysis of the SSCP-profiles diversity. Obtained results may suggest high genetic diversity of tested loci. The SSCP genotyping of multiple cps loci was found as potentially useful tool for tracing epidemic strains during an outbreak

Słowa kluczowe

PL

zakazenia szpitalne; Klebsiella pneumoniae; szczepy epidemiczne; locus cps; genotyp; DNA jednoniciowy; polimorfizm; dendrogramy; genotypowanie

• Wydawca: -
• Czasopismo: Medycyna Doświadczalna i Mikrobiologia
• Rocznik: 2005
• Tom: 57
• Numer: 2
• Opis fizyczny: s.153-161,rys.,tab.,bibliogr.

Twórcy

autor

Gierczynski R.

• Panstwowy Zaklad Higieny w Warszawie, ul.Chocimska 24, 00-791 Warszawa

autor

Kaluzewski S.

autor

Zasada A.A.

autor

Rastawicki W.

autor

Jagielski M.

Bibliografia

• 1. Arakawa Y, Wacharotayankiin R, Nagatsuka T i inni. Genomie organization of the Klebsiella pneumoniae cps region responsible for serotype K2 capsular polysaccharide synthesis in the virulent strain Chedid. Infect Immun 1995; 177: 1788-96.
• 2. Brisse S, Issenhuth-Jeanjean S, Grimont PAD. Molecular serotyping of Klebsiella species isolates by restriction of the amplified capsular antigen gene cluster. J Clin Microbiol 2004, 42:3388-98.
• 3. Eisen D, Russell EG, Tymms M i inni. Random amplified polymorphic DNA and plasmid analyses used in investigation of an outbreak of multiresistant Klebsiella pneumoniae. J Clin Microbiol 1995; 33: 713-7.
• 4. Gierczyński R, Jagielski M, Rastawicki W. Ocena przydatności elektroforetycznego rozdziału jednoniciowego DNA z zastosowaniem stopniowanego profilu termicznego (Multitemperature-SSCP) do identyfikacji alleli wybranych genów bakteryjnych. Med Dośw Mikrobiol 2003;55:147-55.
• 5. Gierczyński R, Kałużewski S, Rakin A i inni. Intriguing diversity ot Bacillus anthracis in eastern Poland - the molecular echoes of the past outbreaks. FEMS Microbiol Lett 2004; 239, 235-40.
• 6. Gierczyński R, Kałużewski, S, Zasada AA, Rastawicki, W, Jagielski M. Występowanie wybranych loci regionu cps związanych z wytwarzaniem otoczki typu K1 i K2 przez szczepy Klebsiella pneumoniae izolowane w Polsce od niemowląt w ogniskach zakażeń szpitalnych. Med Dośw Mikrobiol 2005; 57: 51-63.
• 7. Gori A, Espinasse F, Deplanto A i inni. Comparison of Pulsed-Field-Gel-Electrophoresis and Randomly Amplified DNA Polymorphism analysis for typing Extended Spectrum b-Lactamase-producing Klebsiella pneumoniae. J Clin Microbiol 1996; 34: 2448-53.
• 8. Hansen DS, Mestre F, Alberti S i inni. Klebsiella pneumoniae lipopolysaccharide O typing: revision of prototype strains and O-group distribution among clinical isolates from different sources and countries. J Clin Microbiol 1999; 37: 56-62.
• 9. Held TK, Adamczik Ch, Trautmann M, Cross AS. Effects of MICs and sub-MICs of antibiotics on production of capsular polysaccharide of Klebsiella pneumoniae. Aantimicrob Agents Chemother 1995; 39: 1093-6.
• 10. Kaczanowski R, Trzeciak L, Kucharczyk K. Multitemperature Single-Strand Conformation Polymorphism. Electrophoresis 2001; 22, 3539-45.
• 11. Keim P, Price LB, Klevytska, AM i inni. Multiple locus variable number tandem repeats analysis reveals genetic relationships within Bacillus anthracis. J Bacteriol 2000; 182: 2928-36.
• 12. Klevytska, A. M, Price, L. B., Schupp i inni. Identification and characterization of variable-number tandem repeats in the Yersinia pestis genome. J Clin Microbiol 2001; 39: 3179-85,
• 13. Nelson, K Seiander RK. Intergenic transfer and recombination of the 6-phosphogluconate dehydrogenase gene (gnd) in enteric bacteria. Proc Natl Acad Sci USA 1994; 91: 10227-31.
• 14. Řrskov l, Řrskov F. Serotyping of Klebsiella, W: Methods in Microbiology, red. T. Bergan, Academic Press Inc. New York, NY 1984, strony 143-64.
• 15. Podschun R, Ulmann U. Klebsiella spp. As nosocomial pathogens: epidemiology, taxonomy, typing methods, and pathogenicity factors. Clin Microbiol Rev 1998; 11: 589-603.
• 16. Podschun R., Pietsch S., Holler C., Ullman U. Incidence oíKlebsiella species in surface waters and their expression of virulence factors. Appl Environ Microbiol 2001; 67: 3325-27.
• 17. Rahn A, Drummelsmith J, Whitfield, C. Conserved organization of the cps gene clusters for expression of Escherichia coli group IK antigens: relationship to colanic acid biosynthesis locus and the cps genes from Klebsiella pneumoniae. J Bacteriol 1999; 181: 2307-13.