PL EN


Preferencje help
Widoczny [Schowaj] Abstrakt
Liczba wyników
2005 | 57 | 4 |
Tytuł artykułu

Analiza metoda RAPD genetycznej zmiennosci szczepow z rodzaju Bordetella

Warianty tytułu
EN
Genetic diversity analysis of isolates belonging to Bordetella genus
Języki publikacji
PL
Abstrakty
PL
W pracy zastosowano technikę RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) w klasyfikacji gatunkowo swoistej oraz w ocenie zmienności wewnątrzgatun- kowej szczepów 8 gatunków z rodzaju Bordetella. Przeprowadzona optymalizacja reakcji RAPD umożliwiła uzyskanie powtarzalnych i różnicujących profili RAPD. Wykazano przydatność metody RAPD w identyfikacji gatunkowej szczepów B. avium i B. holmesii oraz w różnicowaniu wewnątrzgatunkowym szczepów B. bronchiseptica i B. hinzii.
EN
In this study, Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) method was used to track differences among human and animals isolates of eight known species of Bordetella genus. One hundred representative strains of these species from international and Polish bacterial collections were genotyped according to RAPD protocols using primer 1254 or 1247. Problems with reproducibility and discriminatory power, frequently discussed in literature, have been overcome by precise optimization procedure, which allowed to achieve reliable conditions for Bordetella species analysed. This study proved high potential of RAPD method using primers 1247/1254 for intra-species differentiation of B. bronchiseptica and B. hinzii isolates. Additionally RAPD method has been found to be useful for confirming B. avium and B. holmesii identification.
Wydawca
-
Rocznik
Tom
57
Numer
4
Opis fizyczny
s.395-407,rys.,tab.,bibliogr.
Twórcy
autor
  • Panstwowy Zaklad Higieny w Warszawie, ul.Chocimska 24, 00-791 Warszawa
autor
Bibliografia
  • 1. Cobb B. Optimization of RAPD fingerprinting, (w) Fingerprinting methods based on arbitrarily primed PCR. red. Micheli M, Bova R. Springer-Verlag. Berlin Heidelberg. 1996; 93-102.
  • 2. Dworkin M, Sullivan P, Buskin S i inni. Bordetella bronchiseptica infection in human immunodeficiency virus-infected patients. Clin Infect Dis. 1999; 28: 1095-99.
  • 3. Ellsworth D, Rittenhouse K, Honeycutt E. Artifactual variation in randomly amplified polymorphic DNA banding patterns. BioTechniques. 1993; 14: 214-18.
  • 4. Gerlach G, von Wintzingerode F, Middendorf В, Gross R. Evolutionary trends in the genus Bordetella. Microbes and Infect. 2001; 3: 61-72.
  • 5. Gzyl A, Augustynowicz E. Technical Aspects of Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Technique in Genotyping of Bacterial Strains. Acta Microbiologica Polonica. 1999; 48: 243-53.
  • 6. Gzyl A, Augustynowicz E. „Przypadkowa amplifikacja" w mikrobiologii - fenomen czy nieporozumienie. Post Microbiol. 1999; 38: 61-82.
  • 7. Gzyl A, Augustynowicz E, Mosiej E i inni. Amplified fragment length polymorphism (AFLP) versus random amplified polymorphic DNA (RAPD) as a new tools for inter- and intra-species differentation within Bordetella. J Med Microbiol. 2005; 54: 1-14.
  • 8. Kattar M, Chavez A, Limaye A, Rassoulian-Barrett S. Application of 16 S rRNA gene sequencing to identify Bordetella hinzii as the causative agent of fatal septicemia. J Clin Microbiol. 2000; 38: 789-94.
  • 9. Keil D, Fenwick В. Evaluation of canine Bordetlla bronchiseptica isolates using randomly amplified polymorphic DNA fingerprinting and ribotyping. Vet Microbiol. 1999; 66: 41-51.
  • 10. Mazengia E, Silva E, Peppe J i inni. Recovery of Bordetella holmesii from patients with pertussislike symptoms: use of pulsed filed gel elecrophoresis to characterize circulating strains. J Clin Microbiol. 2000; 38: 2330-33.
  • 11. McCelland M, Welsh J. DNA fingerprinting by arbitrarily Primed PCR. PCR Meth Applic. 1994; 4 : 4-12.
  • 12. Micheli M, Bova R, Calissano P, D 'Ambrosio E. Randomly amplified polymorphic DNA fingerprinting using combinations of oligonucleotide primers. BioTechniques. 1993; 15: 388-95.
  • 13. Power E. RAPD typing in microbiology - a technical review. J Hospital Infection. 1996; 34: 247- 65.
  • 14. Register K, Sacco R, Nordholm G. Comparison of ribotyping and restriction enzyme analysis for inter- and intraspecies discrimination of Bordetella avium and Bordetella hinzii. J Clin Microbiol. 2003; 41: 1512-19.
  • 15. Shepard C, Daneshvar M, Kaiser R, Ashford D. Bordetella holmesii bacteremia: a newly recognized clinical entity among asplenic patients. Clin Infect Dis. 2004; 38: 799-804.
  • 16. Thompson H, McCandlish I, Wright N. Experimental respiratory disease in dogs due to Bordetella bronchiseptica. Res Vet Sci. 1976; 20: 16-23.
  • 17. Vandamme P, Hommez J, Vancanneyt M i inni. Bordetella hinzii sp. nov., isolated from poultry and humans. Int J Syst Bacteriol. 1995; 45: 37-45.
  • 18. von Wintzingerode F, Schattke A, Siddiqui R i inni. Bordetella petrii sp. nov., isolated from an anaerobic bioreactor, and emended description of the genus Bordetella. Int J Syst Evol Microbiol. 2001; 51: 1257-65.
  • 19. Williams J, Hanafey M, Rafalski J, Tingey A. Genetic analysis using random amplified polymorphic DNA markers. Meth Enzymol. 1993; 218: 704-740.
  • 20. Williams J, Kubelik A,Livak K i inni. DNA polymorphism amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Res. 1990; 18: 6531-35.
Typ dokumentu
Bibliografia
Identyfikatory
Identyfikator YADDA
bwmeta1.element.agro-article-232ea9d8-c1e8-4f0d-b3b7-87aba39e0a16
JavaScript jest wyłączony w Twojej przeglądarce internetowej. Włącz go, a następnie odśwież stronę, aby móc w pełni z niej korzystać.