Wykorzystanie markerow SSR do oceny podobienstwa genetycznego heksaploidalnych gatunkow z rodzaju Avena L.

• Autorzy: Paczos-Grzeda E , Tyrka M , Wacko S , Miazga D

Warianty tytułu

EN

Application of SSR markers for genetic similarity assessment of hexaploid species of genus Avena L.

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

W pracy określono przydatność markerów SSR opracowanych dla pszenicy do oceny podobieństwa genetycznego heksaploidalnych gatunków z rodzaju Avena. Do analiz wybrano 3 odmiany A. sativa, 3 formy A.sterilis i dwie A. fatua. Spośród 55 testowanych par starterów mikrosatelitarnych wms, wmc i gdm wybrano 12. Na podstawie zróżnicowania loci mikrosatelitarnych określono podobieństwo genetyczne i wykonano analizę skupień metodą NJ (neighbour joining). Topologia dendrogramu wskazuje na większe podobieństwo A. sativa do A. fatua, aniżeli do A. sterilis. Na podstawie przeprowadzonych badań można stwierdzić, że istnieje możliwość wykorzystania starterów mikrosatelitarnych opracowanych dla pszenicy w badaniach polimorfizmu DNA heksaploidalnych gatunków z rodzaju Avena.

EN

The aim of presented paper was to assess suitability of SSR markers developed in wheat in order to evaluate genetic similarity of hexaploid species of Avena genus. Three A. sativa cultivars, 3 A. sterilis and 2 A. fatua accessions were analysed. Out of 55 tested microsatellite primer pairs: wms, wmc and gdm 12 were chosen. Based on microsatellite loci diversity genetic similarity was calculated and cluster analysis of NJ (neighbour joining) method was conducted. A dendrogram thopology indicated that A. fatua clustered closer to A. sativa than did A. sterilis. On the basis of conducted research it can be stated that there is a possibility of utilizing wheat microsatellie markers in the analysis of DNA polymorphism of hexapliod species of the Avena genus.

Słowa kluczowe

PL

hodowla roslin; zastosowanie; owies; markery molekularne; gatunki roslin; heksaploidy; podobienstwo genetyczne; Avena; markery mikrosatelitarne

EN

plant breeding; application; oat; molecular marker; plant species; hexaploid; genetic similarity; Avena; microsatellite marker

• Wydawca: -
• Czasopismo: Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych
• Rocznik: 2007
• Tom: 517
• Numer: 2
• Opis fizyczny: s.577-584,rys.,tab.,bibliogr.

Twórcy

autor

Paczos-Grzeda E

• Instytut Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roslin, Akademia Rolnicza, ul.Akademicka 15, 20-934 Lublin

autor

Tyrka M

• Pracownia Genetyki Populacji, Adakemia Polonijna, Czestochowa

autor

Wacko S

• Instytut Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roslin, Akademia Rolnicza, ul.Akademicka 15, 20-934 Lublin

autor

Miazga D

• Instytut Genetyki, Hodowli i Biotechnologii Roslin, Akademia Rolnicza, ul.Akademicka 15, 20-934 Lublin

Bibliografia

• Baum B.R. 1977. Oats: wild and cultivated. A monograph of the genus Avena L. (Poaceae). Monogr. No. 14. Canada Dep. of. Agric. Supply and Services Canada, Ottawa, ON.
• Chen X., Temnykh S., Xu Y., Cho Y.G., McCouch S.R. 1997. Development of a micro-satellite framework map providing genomewide coverage in rice (Oryza sativa L). Theor. Appl. Genet. 95: 553-567.
• Chrząstek M., Paczos-Grzęda E., Miazga D. 2004. Charakterystyka cytologiczna i molekularna niektórych gatunków z rodzaju Avena, w: Genetyka w ulepszaniu roślin użytkowych. P. Krajewski, Z. Zwierzykowski, P. Kachlicki (Red.), Rozprawy i Monografie, Instytut Genetyki Roślin PAN, Poznań: 67-74.
• Frey L. 2002. Taksonomia, kariologia i fitogeografia, w: Polska Księga Traw. L. Frey (Red.), Instytut Botaniki im. W. Szafera, PAN, Kraków: 55-74.
• Gupta P.K., Rustgi S., Sharma S., Singh R., Kumar N., Balyan H.S. 2003. Transferable EST-SSR markers for the study of polymorphism and genetic diversity in bread wheat. Mol. Gen. Genomics 270: 315-323.
• Hayden M.J., Stephenson P., Logojan A.M., Khatkar D., Rogers C., Koebner R.M.D., Snape J.W., Sharp P.J. 2004. A new approach to extending the wheat marker pool by anchored PCR amplification of comound SSRs. Theor. Appl. Genet. 108: 733-742.
• Holland J.B., Helland S.J., Sharopova N., Rhyne D.C. 2001. Polymorphism of PCR- based markers targeting exons, introns, promoter regions, and SSRs in maize and introns and repeat sequences in oat. Genome 44: 1065-1076.
• Jannink J.L., Gardner S.W. 2005. Expanding the pool of PCR-based markers for oat. Crop Sci. 45: 2383-2387.
• Kantety R.V., Rota M.L., Matthews D.E., Sorrells M.E. 2002. Data mining for simple sequence repeats in expressed sequence tags from barley, maize, rice, sorghum and wheat. Plant Mol. Biol. 48: 501-510.
• Legget J.M. 1992. Classification and speciation in Avena, w: Oat science and technology. S. Segoe (Red.), American Society of Agronomy. Agronomy Monograph No. 33, Madison, WI, USA: 29-52.
• Li C.D., Rossnagel B.G., Scoles GJ. 2000. The development of oat microsatellite markers and their use in identifying relationships among Avena species and oat cultivars. Theor. Appl. Genet. 93: 869-876.
• Liu Z.W., Biyashev R.M., Saghai Maroof M.A. 1996. Development of simple sequence repeat markers and their integration into a barley linkage map. Theor. Appl. Genet. 93: 869-876.
• Milligan B.G. 1992. Plant DNA isolation, w: Molecular analysis of populations: a practical approach. IRL Press, Oxford, UK: 59-88.
• Naghavi M.R., Mardi M., Pirseyedi S.M., Kazemi M., Potki P., Ghaffari M.R. 2007.
• Comparison of genetic variation among accessions of Aegilops tauschii using AFLP and SSR markers. Genet. Resour. Crop. Evol. 54: 237-240.
• Nei M., Li W.H. 1979. Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases. Proc. Natl. Acad. Sci. 76: 5269-5273.
• Paczos-Grzęda E. 2003. Systematyka, ewolucja i cytogenetyka gatunków z rodzaju Avena L. Wiadomości Botaniczne 47(1/2): 7-17.
• Pal N., Sandhu J.S., Dormier L.L., Kolb F.L. 2002. Development and characterization of microsatellite and RFLP-derived PCR markers in oat. Crop Sci. 42: 912-918.
• Powell W., Morgante M., Andre C., Hanafey M., Vogel J., Tingey S., Rafalski A. 1996. Comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis. Mol. Breed. 2: 225-238.
• Rajhathy T., Thomas H. 1974. Cytogenetics of oats (Avena L.). Misc. Publ. Genet. Soc., Ottawa, ON.
• Ramsay L., Macaulay M., Ivanissevich S., MacLean K., Cardle L., Fuller J., Edwards KJ., Tuvesson S., Morgante M., Massari A., Maestri E., Marmiroli N., Sjakste T., Ganal M., Powell W., Waugh R. 2000. A simple sequence repeat-based linkage map of barley. Genetics 156: 1997-2005.
• Röder M.S., Korzun V., Wendehake K., Plaschke J., Tixier H.M., Leroy P., Ganal M.W. 1998. A microsatellite map of wheat. Genetics 141: 2007-2023.
• Rohlf F.J. 2001. NTSYS-pc numerical taxonomy and multivariate analysis system. Version 5.1. Exeter Publishing Ltd., Setauket, N.Y.
• Saini N., Jain N., Jain S., Jain R. 2004. Assessment of genetic diversity within and among Basmati and non-Basmati rice varieties using AFLP, ISSR and SSR markers. Euphytica 140: 133-146.
• Senior M.L., Murphy J.P., Goodman M.M., Stuber C.W. 1998. Utility of SSRs for determining genetic similarities and relationships in maize using an agarose gel system. Crop Sci. 38: 1088-1098.
• Spada A., Mantegazza R., Biloni M., Caporali E., Sala F. 2004. Italian rice varieties: historical data, molecular markers and pedigrees to reveal their genetic relationships. Plant Breeding 123: 105-111.
• Zeller F.J. 1998. Nutzung des genetischen Potentials der Avena-Wildarten zur Verbesserung des Saathafers (Avena sativa L.). J. Appl. Bot. 72: 180-185.
• Zietkiewicz E., Rafalski A., Labuda D. 1994. Genome fingerprinting by simple- sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain reaction amplification. Genomics 20: 176-183.