Wykorzystanie metody AFLP do oceny zroznicowania genetycznego miejscowych populacji fasoli zwyczajnej [Phaseolus vulgaris L.], pochodzacych z rejonu Niziny Poludniowopodlaskiej

• Autorzy: Nowosielski J , Bulinska-Radomska Z

Warianty tytułu

EN

Application of AFLP method for the assessment of genetic diversity of bean landraces [Phaseolus vulgaris L.], collected in the south Podlaska lowland

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

The aim of the present research was the determination of AFLP usefulness for the estimation of DNA polymorphism of 28 landraces Phaseolus vulgaris (common bean) collected during expeditions conducted on the South Podlaska Lowland during the last 20 years. The experiment with the use of 8 primers EcoRI and 8 primers Msel was performed to select the best primers combinations for AFLP analyses. The results allowed for the selection of 12 such primer combinations, generating the highest number of polymorphic bands on polyacrylamide gels. Based on the results of DNA polymorphism obtained, a matrix of Jaccard similarity coefficient was produced to determine the level of similarity among landraces by the method of cluster analysis. The results obtained revealed, that AFLP method allowed to characterize of the level of polymorphism both between and within landraces of Phaseolas vulgaris L.

EN

W pracy oceniono zróżnicowanie genetyczne 28 południowopodlaskich populacji miejscowych Phaseolus vulgaris (fasoli zwyczajnej) zebranych podczas ekspedycji terenowych, przeprowadzonych w ciągu ostatnich 20 lat. Wykonano doświadczenia z zastosowaniem kombinacji 8 starterów EcoRI i 8 starterów Msel, w celu wybrania najlepszych kombinacji starterów do analiz AFLP. Rezultaty badań pozwoliły na wybranie 12 kombinacji starterów generujących największą liczbę polimorficznych prążków na żelach poliakrylamidowych. Otrzymane wyniki rozdziału fragmentów DNA posłużyły do określenia podobieństwa badanych obiektów metodą analizy skupień w oparciu o wartości współczynnika podobieństwa Jaccarda. Uzyskane wyniki wykazały przydatność metody AFLP do odróżnienie poszczególnych populacji Phaseolus vulgaris L. i określenie ich zróżnicowania wewnątrzpopulacyjnego.

Słowa kluczowe

PL

roznorodnosc genetyczna; Nizina Poludniowopodlaska; Phaseolus vulgaris; metody badan; populacje lokalne; metody AFLP; fasola zwykla; populacje rodzime

EN

genetic diversity; South Podlasie Lowland; Phaseolus vulgaris; research method; local population; AFLP method; common bean; plant population

• Wydawca: -
• Czasopismo: Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych
• Rocznik: 2007
• Tom: 517
• Numer: 2
• Opis fizyczny: s.517-525,rys.,tab.,bibliogr.

Twórcy

autor

Nowosielski J

• Krajowe Centrum Roślinnych Zasobów Genowych, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roslin Radzikow, 05-870 Blonie

autor

Bulinska-Radomska Z

• Krajowe Centrum Roślinnych Zasobów Genowych, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roslin Radzikow, 05-870 Blonie

Bibliografia

• AFLP Plant Mapping Protocol 1997. Perkin - Elmer Corporation.
• Betz M. Virginia 1999. Early plant domestication in Mesoamerica. Athena Reviev. 2(1).
• Bulińska-Radomska Z., Góral S. 1991. Current status of genetic resources activities in Poland. Genet. Pol. 32(1-2): 27-35.
• Caicedo A.L., Gaitan E., Duque M.C., Toro Chica O., Debouck D.G., Tohme J. 1999. AFLP fingerprinting of Phaseolus lunatus L. and related wild species from South America. Crop Science 39: 1497-1507.
• Gaudeul M., Taberlet P., Till-Bottraud I. 2000. Genetic diversity in an endangered alpine plant, Eryngium alpinum L. (Apiaceae), inferred from amplified fragment lenght polymorphism markers. Molecular Ecology 9: 1625-1637.
• Górniak J., Wachnicki J. 2004. Pierwsze kroki w analizie danych. SPSS for Windows. SPSS Polska, Kraków.
• Grodzicker T., Williams J., Sharp P., Sambrook J. 1974. Physical mapping of temperature - sensitive mutations of adenoviruses. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 39: 439-446.
• Jones C.J., Edwards K.J., Castiglione S., Winfield M.O., Sala F, Van De Wiel C., Bredemeijer G., Vosman B., Matthes M., Daly A., Brettschneider R., Bettini P., Buiatti M., Maestri E., Malcevschi A., Marmiroli N., Aert R., Volkaert G., Rueda J., Linacero R., Vazquez A., Karp A. 1997. Reproducibility testing of RAPD, AFLP, and SSR markers in plants by a network of European laboratories. Mol. Breed. 3: 381-390.
• Kulpa W., Górski M. 1986. Zasoby miejscowych form roślin uprawnych. Cz. II. Wyniki eksploracji zasobów północno-wschodniej części Polski w latach 1997 i 1979. 1986. Biuletyn IHAR 160: 47-55.
• Kulpa W., Jastrzębski A. 1986. Zasoby miejscowych form roślin uprawnych. Cz. I. Wyniki eksploracji Płaskowyżu Kolbuszowskiego, Pogórza Karpackiego i Beskidów w latach 1976 i 1978. Biuletyn IHAR: 27-45.
• Mukeshimana G., Paneda A., Rodriguez-Suarez C., Ferreira J.J., Giraldez R., Kelly J. 2005. Markers linked to the bc-3 gene conditioning resistance to bean comon mosaic potyviruses in common bean. Euphytica 144: 291-299.
• Nowosielska D., Podyma W. 1998. Ekspedycje Centrum Roślinnych Zasobów Genowych. Zesz. Probl. Post. Nauk Rol. 463: 145-154.
• Nowosielska D., Podyma W. 2001. Expeditions of the National Centre for Plant Genetic Resources conducted on the territory of Poland during 1998-99. Materials from EUCARPIA Section Genetic Resources May 1620, 2001, Poznań, Poland: 30 ss.
• Nowosielska D., Podyma W. 2005. Collecting Missions in Poland in 1999. Plant Breeding and Seed Science 52: 67-69.
• Nowosielski J., Podyma W. 2001. Molecular research of the genetic diversity of Polish varieties and landraces of Phaseolus. Broad Variation and Precise Characterization - Limitation for the Future. Eucarpia Section Genetic Resources Workshop, May 16-20, 2001, Poznań: 247-252.
• Nowosielski J., Podyma W., Nowosielska D. 2002. Molecular research on the genetic diversity of Polish varieties and landraces of Phaseolus coccineus L. and Phaseolus vulgaris L. using the RAPD and AFLP methods. Cellular & Molecular Biology Letters 7(2B): 753-762.
• Nowosielski J., Podyma W. 2004. Wykorzystanie kombinacji starterów w metodzie AFLP do identyfikacji wybranych populacji roślin użytkowych. Zesz. Probl. Post. Nauk Rol. 497: 467-475.
• Nowosielska D., Podyma W., Nowosielski J., Dostatny D. 2005. Ekspedycje Krajowego Centrum Roślinnych Zasobów Genowych przeprowadzone na terenie Polski w latach 2000-2004. Mat. z konf. „Hodnotenie Genetickych Zdrojom Rastlin”. Piestany 25-26 V 2005: 195-198.
• Reisch C., Poschlod P., Wingender R. 2003. Genetic variation of Saxifraga paniculata Mill. (Saxifragaceae): molecular evidence for glacial relictendemism in central Europe. Biological Journal of the Linnean Society 80: 11-21.
• Robinson J.P., Harris S.A. 1999. Amplified Fragment Length Polymorphisms and Microsatellites: A phylogenetic perspective. http://webdoc.sub.gwdg.de/ebook/y/1999/whichmarker/m12/Chap12.htm.
• Russell J.R., Fuller J.D., Macaulay M., Hatz B.G., Jahoor A., Powel W., Waugh R. 1997. Direct comparison of levels of genetic variation among barley accessions detected by RFLPs, AFLPs, SSRs and RAPDs. Theor Appl. Genet. 95: 714-722.
• Vos P., Hogers R., Bleeker M., Reijans M., Van De Lee, M., Hornes T., Frijters A., Pot J., Pelman J., Kuiper M., Zabeau M. 1995. AFLP: A new technique for DNA fingerprinting. Nucleic Acids Research 23: 4407-4414.
• Williams J.G.K., Kubelik A.R., Livak K.J., Rafalski J.A., Tingey S.V. 1990. DNA polimorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Research 18(22): 6531-6535.