Wykorzystanie kombinacji starterów w metodzie AFLP do identyfikacji wybranych populacji roślin użytkowych

• Autorzy: Nowosielski J. , Podyma W.

Warianty tytułu

EN

Application of AFLP primers for identification of selected populations of field crops

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Znaleziono kombinacje starterów AFLP generujących polimorficzne obrazy na żelach poliakrylamidowych za pomocą których można by było zróżnicować badane populacje i odmiany roślin: Phaseolus vulgaris var. nanus i Ph. coccineus, Avena maroccana, A. murphyi, A. macrostachya A. insularis, A. sativa, A. strigosa. R. japonka, R. sachalinense, Pyrus, Zea mays, Trifolium (T. nigrescens, T. occidentale, T. repens). Analiza zróżnicowania genetycznego w obrębie poszczególnych gatunków została oparta na metodzie AFLP. W badaniach wykorzystano 16 starterów, z których osiem zawierało w sekwencji nukleotydowej miejsce restrykcyjne EcoRI, a pozostałe osiem - miejsce restrykcyjne MseI, co dało 64 kombinacje starterów AFLP. Rozdział fragmentów prowadzono na sekwenatorze AbiPrism 377XL. W wyniku przeprowadzonych analiz znaleziono 32 pary starterów różnicujących dla Ph. vulgaris i Ph. coccineus, 18 kombinacji dla A. sativa, A. insularis, A. maroccana, A. murphy, A. macrostachya oraz 21 par starterów charakterystycznych dla A. strigosa. Dla R. japonica i R. sachalinense znaleziono 18 kombinacji starterów AFLP, zaś dla roślin z rodzaju Pyrus 30 par. Populacje Zea mays charakteryzowało 12, a Trifolium 18 par starterów różnicujących.

EN

The aim of the research was founding AFLP markers allowing to distinguish varieties and population of plants: Phaseolus vulgaris var. nanus and Ph. coccineus, Avena maroccana, A. murphyi A. macrostachya A. insularis A. strigosa, A. sativa, Reynoutria japonica, R. sachalinense, Pyrus genus, Zea mays, Trifolium (T. nigrescens, T. occidentale, T. repens). The analysis of genetic differentiation within particular species was conducted according to the AFLP method with the application of 64 primers pairs set on the AbiPrism 377XL apparatus. As a result of conducted analysis 32 pairs of differentiating primers for Ph. vulgaris and Ph. coccineus, 18 combinations for A. sativa, A. insularis, A. maroccana, A. murphy, A. macrostachya and 21 characteristic combinations for A. strigosa were found. For Reynoutria japonica, and Reynoutria sachalinense 18 pairs of differentiating AFLP primers and 30 for Pyrus samples were found. Populations of Zea mays were characterised by 12 and Trifolium - by 18 pairs of primers.

• Wydawca: -
• Czasopismo: Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych
• Rocznik: 2004
• Tom: 497
• Numer: 2
• Opis fizyczny: s.467-475,tab.,bibliogr.

Twórcy

autor

Nowosielski J.

• Krajowe Centrum Roślinnych Zasobów Genowych, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w Radzikowie, 05-870 Błonie

autor

Podyma W.

• Krajowe Centrum Roślinnych Zasobów Genowych, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w Radzikowie, 05-870 Błonie

Bibliografia

• Barker J.H.A., Matthes M., Arnold G.M., Edwards K.J., Ĺhman I., Larsson S., Karp A. 1999. Characterisation of genetic diversity in potential biomass willows (Salix spp.) by RAPD and AFLP analyses. Genome 42: 173-183.
• Bennett S.J., Mathews A. 2003. Assessment of genetic diversity in clover species from Sardinia, Italy, using AFLP analysis. Plant Breeding 122(4): 362-367.
• Doyle J.J., Doyle J.L. 1990. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus 12: 13-15.
• Els C., Vekemans X., Smulders M.J.M., Wagner I., Van Huylenbroeck J., van Bockstaelle E., Roldan-Ruiz I. 2003. Genetic variation in endangered wild apple (Malus sylvestris (L.) Mill.) in Belgium as revealed by amplified fragment length polymorphism and microsatellite markers. Molecular Ecology 12: 845-857.
• Fao 1996. Report on the state of the world's plant genetic resources for food and agriculture. FAO, Rome.
• Grodzicker T., Williams J., Sharp P., Sambrook J. 1974. Physical mapping of temperature- sensitive mutations of adenoviruses. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 39: 439-446.
• Hartl L., Seefelder S. 1998. Diversity of selected hop cultivars detected by fluorescenet AFLPs. Theor Appl. Genet. 96: 112-116.
• Hill M., Witsenboer H., Vos P., Zabeau M., Kesseli R., Michelmore R. 1996. PCR- fingerprinting using AFLPs as a tool for studing genetic relationships in Lactuca spp. Theor Appl. Genet. 93: 1202-1210.
• Hintom van Th., Treuren van R. 2002. Molecular markers: Tools in improve genebank efficiency. Cellular and Molecular Biology Letters 7, n 2A: 737-744.
• Jones C.J., Edwards K.J., Castiglione S., Winfield M.O., Sala F., van de Wiel C., Bredemeijer G., Vosman B., Matthes M., Daly A., Brettschneider R., Bettini P., Buiatti M., Maestri E., Malcevschi A., Marmiroli N., Aert R., Volkaert G., Rueda J., Linacero R., Vazquez A., Karp A. 1997. Reproducibility testing of RAPD, AFLP, and SSR markers in plants by a network of European laboratories. Mol. Breed. 3: 381-390.
• Kardolus J.P., van Eck H.J., van den Berg R.G. 1998. The potential of AFLPs in biosystematics: a first application in Solanum taxonomy (Solanaceae). Plant Systematics and Evolution 210: 87-103.
• Krauss S.L. 1999. Complete exclusion of nonsires in an analysis of paternity in a natural plant population using amplified fragment length polymorphism (AFLP). Molecular Ecology 8: 217-226.
• Law J.R., Donini P., Koebner R.M.D., Jones C.R., Cooke R.J. 1998. DNA profiling and plant variety registration. III. The statistical assessment of distinctness in wheat using amplified fragment length polymorphisms. Euphytica 102: 335-342.
• Maughan P.J., Saghai-Maroof M.A., Buss G.R., Huestis G.M. 1996. Amplified fragment length polymorphisms (AFLP) in soybean: species diversity, inheritance, and near isogenic lines analysis. Theor Appl. Genet. 93: 392—401.
• Nakajima Y., Oeda K., Yamamoto T. 1998. Characterisation of genetic diversity of nuclear and mitochondrial genomes in Daucus varieties by RAPD and AFLP. Plant Cell Reports 17: 848-853.
• Niemirowicz-Szczytt K. 1998. Metody biotechnologiczne w utrzymaniu i ocenie zasobów genowych. Zesz Probl. Post. Nauk Rol. 463: 509-518.
• Ricciardi L., Giorgio V., de Giovanni C., Lotti C., Gallotta A., Fanizza G. 2002. The genetic diversity of apulian apricot geneotypes (Prunus armeniaca L.) assessed using AFLP markers. Cellular and Molecular Biology Letters 7, n 2A: 431-436.
• Ridout C.J, Donini P. 1999. Use of AFLP in cereals research. Trends in Plant Science 4: 76-79.
• Robinson J.R, Harris S.A. 1999. Amplified Fragment Length Polymorphisms and Microsatellites: A phylogenetic perspective. http://webdoc.sub.gwdg.de/ebook/y/1999/whichmarker/m12/Chap12.htm.
• Russell J.R., Fuller J.D., Macaulay M., Hatz B.G., Jahoor A., Powel W., Waugh R. 1997. Direct comparison of levels of genetic variation among barley accessions detected by RFLPs, AFLPs, SSRs and RAPDs. Theor Appl, Genet. 95 : 714-722.
• Schut J.W., Qi X., Stam P. 1997. Association between relationship measures based on AFLP markers, pedigree data and morphological traits in barley. Theor Appl. Genet. 95: 1161-1168.
• Sharma S.K., Knox M.R., Ems T.H.N. 1996. AFLP analysis of the diversity and phytogeny of Lens and its comparison with RAPD analysis. Theor Appl. Genet. 93: 751-758.
• Williams J.G.K., Kubelik A. R., Ltvak K.J., Rafalski J.A., Tingey S.V 1990. DNA polimorphisms amplified by arbitraży primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Research 18(22): 6531-6535.
• Virk P.S., Newbury H.J., Jackson M.T. 2000. Are mapped markers more useful for assessing genetic diversity? Theor. Appl. Genet. 100: 607-613.
• Vos, P., Hogers R., Bleeker M., Reijans M., Van de Lee T., Hornem M., Frijters A., Pot J., Pelman J., Kuiper M., Zabeau M. 1995. AFLP: A new technique for DNA fingerprinting. Nucleic Acids Research 23: 4407-4414.
• Zabeau M. 1992. Selective restriction fragment amplification: A general method for DNA fingerprinting. European patent application 92402629.7.