Metody analizy ekspresji genów w badaniach nad rzepakiem

• Autorzy: Olejnik A.

Warianty tytułu

EN

Methods for gene expression analysis in studies of oilseed rape

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

W pracy przedstawiono przegląd metod analizy ekspresji genów z zastosowaniem technik: mikromacierzy DNA, seryjnej analizy ekspresji genów (SAGE), jak również odwrotnej transkrypcji – RT-PCR oraz qRT-PCR. Zaprezentowano możliwości wykorzystania poszczególnych technik wraz z przykładami ich praktycznego zastosowania w badaniach molekularnych rzepaku.

EN

This paper presents an overview of gene expression analysis methods, including: DNA microarrays, SAGE (Serial Analysis of Gene Expression), as well as reverse transcription techniques: RT-PCR and qRT-PCR. It also includes some examples of application of the methods in molecular studies on oilseed rape genome and transcriptome.

Słowa kluczowe

PL

rzepak; Brassica napus; hodowla roslin; genetyka roslin; ekspresja genow; metody analizy; mikromacierze DNA; seryjna analiza ekspresji genow; odwrotna transkrypcja; biotechnologia; badania molekularne

EN

rape; Brassica napus; plant breeding; plant genetics; gene expression; analysis method; transcription; biotechnology; molecular study

• Wydawca: -
• Czasopismo: Rośliny Oleiste - Oilseed Crops
• Rocznik: 2013
• Tom: 34
• Numer: 1
• Opis fizyczny: s.27-36,rys.,bibliogr.

Twórcy

autor

Olejnik A.

• Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin - Państwowy Instytut Badawczy, Oddział w Poznaniu

Bibliografia

• Bustin S.A., Nolan T. 2004. Pitfalls of Quantitative Real-Time Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction. Journal of Biomolecular Techniques, 15: 155-166.
• Chen Y., Lei S., Zhou Z., Zeng F., Yi B., Wen J., Shen J., Ma C., Tu J., Fu T. 2009. Analysis of gene expression profile in pollen development of recessive genic male sterile Brassica napus L. line S45A. Plant Cell Reports, 28: 1363-1372.
• Chen X., Truksa M., Shah S., Weselake R.J. 2010. A survey of quantitative real-time polymerase chain reaction internal reference genes for expression studies in Brassica napus. Analytical Biochemistry, 405: 138-140.
• Chudakov D.M., Lukyanov S., Lukyanov K.A. 2005. Fluorescent proteins as a toolkit for in vivo imaging. Trends in Biotechnology, 23: 605-613.
• Fujisawa M., Takita E., Harada H., Sakurai N., Suzuki H., Ohyama K., Shibata D., Misawa N. 2009. Pathway engineering of Brassica napus seeds using multiple key enzyme genes involved in ketocarotenoid formation. Journal of Experimental Botany, 60: 1319-1332.
• Gruber M., Wu L., Links M., Gietvaj B., Durkin J., Lewis C., Sharpe A., Lydiate D., Hegedus D. 2012. Analysis of expressed sequence tags in Brassica napus cotyledons damaged by crucifer flea beetle feeding. Genome, 55: 118-133.
• Halfhill M.D., Richards H.A., Mabon S.A., Stewart Jr. C.N. 2001. Expression of GFP and Bt transgenes in Brassica napus and hybridization with Brassica rapa. Theoretical Applied Genetics, 103: 659-667.
• Huang Y., Chen L., Wang L., Vijayan K., Phan S., Liu Z., Wan L., Ross A., Xiang D., Datla R., Pan Y., Zou J. 2009. Probing the endosperm gene expression landscape in Brassica napus. BMC Genomics, 10:256.
• Lei L., Stewart Jr. C.N., Tang Z.-X., Wei W. 2011. Dynamic expression of green fluorescent protein and Bacillus thuringiensis Cry1Ac endotaxin in interspecific hybrids and succesive backcross generations (BC1 and BC2) between transgenic Brassica napus crop and wild Brassica juncea. Annals of Applied Biology, 159: 212-219.
• Lee C., Kim H.-H., Choi K.M., Chung K.W., Choi Y.K., Jang M.J., Kim T.-S., Chung N.-J., Rhie H.-G., Lee H.-S., Sohn Y., Kim H., Lee S.-J., L., Lee H.-W. 2011. Murine immune responses to a Plasmodium vivax-derived chimeric recombinant protein expressed in Brassica napus. Malaria Journal, 10: 106.
• Obermeier C., Hosseini B., Friedt W., Snowdon R. 2009. Gene expression profiling via LongSAGE in a non-model plant species: a case study in seeds of Brassica napus. BMC Genomics, 10: 295.
• Olejnik A. 2012. Optymalizacja transformacji zarodków mikrosporowych rzepaku ozimego przy użyciu Agrobacterium tumefaciens genami ABI1, CDPK6 i SKI oraz analiza ekspresji transgenów. Praca doktorska, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin – PIB.
• Snowdon R., Link K., Badani A.G., Friedt W. 2005. Plant Breeding: Recent Advances in Molecular Breeding of Oilseed Rape (Brassica napus L.). W: K. Esser, U. Lüttge, W. Beyschlag, J. Murata (red.), Progress in Botany, Vol. 66. Springer-Verlag, Berlin – Heidelberg, 16: 144-163.
• Stewart Jr. C.N. 1996. Transgene flow and persistence may be monitored by using in vivo markers such as GFP. BioSafety Journal, 2: 3.
• Valasek M.A., Repa J.J. 2005. The power of real-time PCR. Advances in Physiology Education, 29: 151-159.
• Wyska E., Rosiak M. 2006. Zastosowanie łańcuchowej reakcji polimerazy w czasie rzeczywistym (real-time PCR) w badaniach farmakokinetycznych. Postępy Higieny i Medycyny Doświad-czalnej, 60: 660-666.
• Yamamoto M., Wakatsuki T., Hada A., Ryo A. 2001. Use of serial analysis of gene expression (SAGE) technology. Journal of Immunological Methods, 250: 45-66.
• Żmieńko A., Handschuh L., Góralski M., Figlerowicz M. 2008. Zastosowanie mikromacierzy DNA w genomice strukturalnej i funkcjonalnej. Biotechnologia, 83: 39-53.