Use and comparison of molecular and classical methods for the identification of moulds isolated from the soil

• Autorzy: Piegza M. , Rzasa J. , Siepka E. , Witkowska D.

Warianty tytułu

EN

Wykorzystanie i porównanie molekularnych i klasycznych metod do identyfikacji plesni izolowanych z gleby

• Języki publikacji: EN

Abstrakty

EN

Present work contains the attempt to compare methods of microorganisms identification, for example, the similarity between species – molecular and classical. The both methods were used because classical approaches based on the use of morphological criteria are, as in several other fungi, difficult to apply in Trichoderma, due to plasticity of characters to interpret. Consequently, almost all recent studies have used molecular data to characterize and identify species. The comparison of these two techniques is based on using guidelines of macroscopic and microscopic evaluation of few classical factors as well as RAPD and RFLP – molecular techniques. Results indicate that none of the technique being compared is adequate when used alone, although molecular ones are more accurate. There is no complete convergence between RAPD and RFLP what makes it even harder to interpret but this fact can be the result of inconvenient markers used in experiment.

PL

W prezentowanej pracy skupiono się na porównaniu metod identyfikacji mikroorganizmów, w tym przypadku podobieństwa pomiędzy szczepami, z wykorzystaniem klasycznych metod płytkowo-mikroskopowej i molekularnej. Obie metody zastosowano, opierając się na założeniu potwierdzonym w ostatnim czasie wskazującym na znaczne zróżnicowanie w obrębie rodzaju Trichoderma, utrudniającym dokładną morfologiczną identyfikację. Obecnie kładzie się również silny nacisk na molekularną identyfikację gatunków. Porównanie metod klasycznej i molekularnej oparto na zastosowaniu typowych wyznaczników makro- i mikroskopowych oraz molekularnych RAPD i RTLP-PCR. Rezultaty wskazały, iż żadna z zastosowanych metod nie jest do końca adekwatna, jednak dokładniejsze wyniki uzyskano, stosując metodę wykorzystującą techniki molekularne. Niestety, nie zaobserwowano powiązania pomiędzy RAPD i RFLP, a ich zderzenie wręcz komplikowało interpretację wyników. Eliminacją tych problemów może być zastosowanie innych markerów molekularnych

Słowa kluczowe

EN

mould; Trichoderma; isolation; molecular method; classical method; identification; soil; random amplified polymorphic DNA; RFLP method

• Wydawca: -
• Czasopismo: Acta Scientiarum Polonorum. Biotechnologia
• Rocznik: 2010
• Tom: 09
• Numer: 4
• Opis fizyczny: p.3-16,fig.,ref.

Twórcy

autor

Piegza M.

• Biotechnology and Food Microbiology Department, Wroclaw University of Environmental and Life Sciences, Norwida 25/27, 50-375 Wroclaw, Poland

autor

Rzasa J.

• Biotechnology and Food Microbiology Department, Wroclaw University of Environmental and Life Sciences, Norwida 25/27, 50-375 Wroclaw, Poland

autor

Siepka E.

• Biotechnology and Food Microbiology Department, Wroclaw University of Environmental and Life Sciences, Norwida 25/27, 50-375 Wroclaw, Poland

autor

Witkowska D.

• Biotechnology and Food Microbiology Department, Wroclaw University of Environmental and Life Sciences, Norwida 25/27, 50-375 Wroclaw, Poland

Bibliografia

• Arisan-Atac I., Heidenreich E., Kubicek C.P., 1995. Randomly amplified polymorphic DNA fin­gerprinting indentifies subgroups of Trichoderma viride and other Trichoderma sp. capable of chestnut blight biocontrol. FEMS Microbiology Letters, 126, 249-256 .
• Barszczewski W., Robak M., 2004. Differentiation of contaminating yeasts in brewery by PCR-based techniques. Food Microbiology, 21, 227-231.
• Chet I., Benhamou N., Haran S., 1998, [in:] Trichoderma and Gliocladium, Harman G.E., Kubicek C.E. (eds.), London: Taylor and Francis, vol. 2, 153-171.
• Chet I., 1987 (ed.). Innovative Approaches to Plant Disease Control. New York: Wiley, 137-160 . Druzhinina I., Kubicek C., 2005. Species concepts and biodiversity in Trichoderma and Hypocrea: from aggregate species to species clusters? Univ SCI 6B(2), 100-112 .
• Druzhinina I., Kopchinsiy A., Kubicek C., 2006. The first 100 Trichoderma species characterizedd by molecular data. Mycoscience, 47, 55-64.
• Elad Y., Chet I., Henis Y., 1982. Can. J. Microbiol., 28, 719-725.
• Hermosa R., Keck E., Chamorro I., Sanz L.,Vinzcaino J., Grondona I., Monte E., 2004. Genetic diversity shown in Trichoderma biocontrol isolates. Mycol. Res., 108(8), 897-906.
• Hjeljord L., Tronsmo A., 1998, [in:] Trichoderma and Gliocladium, Harman G.E., Kubicek C.E. (eds.), London: Taylor and Francis, vol. 2, 129-151.
• Kullnig C., Szakas G., Kubicek C.P., 2000. Molecular identification of Trichoderma species from Russia, Siberia and Himalaya. Mycol. Res., 104(9), 1117-1125.
• Kwon O.S., Lee J.Y., 1996. Fast Genetic Variation among Coliphage Quasispeciec Revealed by a Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Analysis Journal Microbiology, 166-171.
• Lorito M., 1998, [in:] Trichoderma and Gliocladium, Harman G.E., Kubicek C.E. (eds.), London: Taylor and Francis, vol. 2, 73-99.
• Lubeck M., Pulsen S., Lubeck P., Jensen P., Thrane U., 2000. Identification of Trichoderma strains from building materials by ITS1, UP-PCR fingerprinting and UP-PCR cross hybridization. Microbiology Letters, 185, 129-134 .
• Maj A., Witkowska D., Robak M., 2002. Biosynthesis and properties of beta-1,3-glucanases of Trichoderma hamatum. Electronic Journal of Polich Agricultural Universities, 5.
• Markovich N.A., Kononova G.L., 2003. Lytic Enzymes of Trichoderma and Their Role in Plant Defense from Fungal Diseases: A Review. Applied Biochemistry and Microbiology, 39, 4, 341-351.
• Nei M., Li W-H., 1979. Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 76, 5269-5273.
• Papavizas G.C., 1985. Trichoderma and Gliocladium: Biology, Ecology and Potential for Biocon- trol. Ann. Rev. Phytopathol., 23, 23-54.
• Peberdy J.F., 1990. Biochemistry of Cell Walls and Membranes, [in:] Fungi. Kuh, P. J., Trinci A.P. J., Jung M.J., Goosey M.W., Copping L.G. (eds.), Heidelberg: Springer, 5-24.
• Piegza M., Barszczewski W., Witkowska D., Stempniewicz R., Robak M., 2006. Scanning of Geotrichum candidum genome by RFLP-PCR of rDNA and RAPD. EJPAU Biotechnology, 9, 3.
• Singh J., Faull J.L., 1990, [in:] Biocontrol of Plant Pathogens, Mukerji K.G., Garg K.L. (eds.), Boca Raton: CRC, 167-179.
• Sivan A., Chet I., 1989. Degradation of fungal cell walls by lytic enzymes of Trichoderma har- zianum. J. Gen. Microbiol., 135, 3, 675-682.
• Turner D., Kovaccs W., Kuhls K., Lieckfeldt E., Peter B., Arisan-Atac I., Strauss J., Samuels G.J., Borner T., Kubicek C.P., 1997. Biogeography and phenotypic variation in Trichoderma sect. Longibranchiatum and associated Hypocrea species. Mycol. Res., 101(4), 449-459.
• Walczak E., Czaplińska A., Barszczewski W., Wilgosz M., Wojtatowicz M., Robak M., 2007. RAPD with microsatellite as a tool for differentiation of Candida genus yeasts isolated in brewing. Food Microbiology 24, 305-312.
• Wessels J.G.H., 1986. Cell wall synthesis in apical hyphal growth. Int. Rev. Cytol., 104, 37-79.
• Witkowska D., Stempniewicz R., Maj A., 1999. Lytic enzymes of Trichoderma and its utilization in yeast protoplast formation Polish. Journal of Food and Nutrition Science, 8/49, 2, 245-252.
• Welsh J., McClelland M., 1990. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers. Nucleic Acids Res, 18.