Analiza zróżnicowania genetycznego odmian i klonów koniczyny białej (Trifolium repens L.) z użyciem markerów RAPD

• Autorzy: Tomkowiak A. , Weigt D. , Szabelska A. , Broda Z. , Siatkowski I.

Warianty tytułu

EN

Analysis of genetic diversity of cultivars and clones of white clover (Trifolium repens L.) with the use of RAPD markers

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Przedmiotem badań były cztery odmiany koniczyny białej (odmiany te są syntetykami klonów) oraz jedna odmiana rozmnażana generatywnie przez szkółkę selekcyjno-rozmno¬żeniową. Nadrzędnym celem tej pracy była analiza zróżnicowania genetycznego odmian i klonów koniczyny białej oraz określenie udziału poszczególnych klonów w tworzeniu odmian na podstawie podobieństwa genetycznego określonego za pomocą markerów molekularnych RAPD. Dla każdego współczynnika podobieństwa utworzono macierz podobieństwa. Następnie wykonano dendrogramy. Dla porównania wyników dla każdego współczynnika wykorzystano test Mantela i współczynnik korelacji Spearmana. Na podstawie przeprowadzonych analiz stwierdzono, że wyselekcjonowane startery generowały polimorfizm, który pozwolił dobrać komponenty do krzyżowań w celu testowania zdolności kombinacyjnych 1, 2, 3, 4. Dendrogramy wykonanez wykorzystaniem współczynników Nei i Ochiai tworzą grupy podobieństwa, w których skład wchodzą odmiany wraz ze swoimi klonami, najprecyzyjniej więc grupują formy pod względem pochodzenia. Współczynniki Simple Matching, Hamanna oraz Rogersa i Tanimoty tworzą grupy, które często zawierają odmiany i klony nie należące do danej odmiany, nie są więc użyteczne w wyborze komponentów do krzyżowań.

EN

The research focused on four white clover cultivars (which are synthetic clones) and one cultivar generatively propagated through the selection-propagation school. The overall objective of this study was to analyse the genetic diversity of cultivars and clones of white clover and to determine the share of individual clones in the creation of cultivars based on genetic similarity specified using RAPD molecular markers. For each similarity coefficient the similarity matrix was created. Then the dendrograms were built. For the results comparison for each ratio Mantel test and Spearman correlation coefficient were used. On the basis of the analysis it was stated that selected primers generated polymorphisms, which allowed to select components for the crosses to test the ability of combinations. The dendrograms constructed with the use of the coefficients of Nei and Ochiai create similarity groups which include cultivars with their clones so they the most precisely group the forms in terms of the origin. Coefficients of Simple Matching, Hamann, Rogers and Tanimoto create groups, which often contain cultivars and clones that do not belong to a given cultivar, so they are not so useful in selecting components for the crosses.

• Wydawca: -
• Czasopismo: Nauka Przyroda Technologie. Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu
• Rocznik: 2012
• Tom: 06
• Numer: 4
• Opis fizyczny: http://www.npt.up-poznan.net/pub/art_6_79.pdf

Twórcy

autor

Tomkowiak A.

• Katedra Genetyki i Hodowli Roślin, Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu, ul.Dojazd 11, 60-632 Poznań

autor

Weigt D.

• Katedra Metod Matematycznych i Statystycznych, Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu, Poznań

autor

Szabelska A.

• Katedra Metod Matematycznych i Statystycznych, Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu, Poznań

autor

Broda Z.

• Katedra Genetyki i Hodowli Roślin, Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu, Poznań

autor

Siatkowski I.

• Katedra Genetyki i Hodowli Roślin, Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu, Poznań

Bibliografia

• ABED Y., DAVIN-REGLI A., CHARREL R.N., BOLLET C., MICCO P., 1995. Variation of RAPD fingerprint patterns using different DNA-extraction methods with Gram-positive bacteria. World J. Microbiol. Biotechnol. 11: 238-239.
• GOLEMBIEWSKI R.C., DANNEBERGER T.K., SWEENEY P.M., 1997. Potential of RAPD markers for use in the identification of creeping bentgrass cultivars. Crop Sci. 37: 212-214.
• JACCARD P., 1908. Nouvelles recherches sur la distribution florale. Bull. Soc. Vaudoise Sci. Nat. 44: 223-270.
• KÖLLIKER R., JONES E.S., JAHUFER M.Z.Z., FORSTER J.W., 2001. Bulked AFLP analysis for the assessment of genetic diversity in white clover (Trifolium repens L.). Euphytica 121: 305-315.
• KONGKIATNGAM P., WATERWAY M.J., COULMAN B.E., FORTIN M.G., 1996. Genetic variation among cultivars of red clover (Trifolium pratense L.) detected by RAPD markers amplified from bulk genomic DNA. Euphytica 89: 355-361.
• MARTYNIAK J., 1996. Motylkowate – postęp zakłócony. Nowocz. Roln. 11: 9-10.
• MARTYNIAK J., 1997. Postęp biologiczny u roślin motylkowatych drobnonasiennych w warunkach gospodarki rynkowej. W: Hodowla roślin. Materiały z I Krajowej Konferencji, Poznań, 19-20 listopada 1997. Poznań: 49-56.
• MEUNIER J.R., GRIMONT P.A.D., 1993. Factors affecting reproducibility of random amplified polymorphic DNA fingerdrinting. Res. Microbiol. 144: 373-379.
• MICHELMORE R.W., PARAN I., KESSELI R.V., 1991. Identification of markers linked to disease-resistance genes by bulked segregant analysis: a rapid method to detect markers in specific genomic regions by using segregating populations. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88: 9828-9832.
• MURALIDHARAN K., WAKELAND E.K., 1993. Concentration of primer and template qualitatively affects products in random-amplified polymorphic DNA PCR. BioTechniques 14, 3: 362-364.
• NEI M., 1972. Genetic distance between populations. Am. Nat. 106: 283-292.
• NEI M., LI W.H., 1979. Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 76: 5269-5273.
• NEI M., TAJIMA F., TATENO Y., 1983. Accuracy of estimated phylo-genetic trees from molecular data. II. Gene frequency data. J. Mol. Evol. 19, 2: 153-170.
• OCHIAI A., 1957. Zoogeographic studies on the soleoid fishes found in Japan and its neighbouring regions. Bull. Jpn. Soc. Sci. Fish. 22: 526-553.
• PENNER M.W., BUSH A., WISE R., KIM W., DOMIER L., KASHA K., LAROCHE A., SCOLES G., MOLNAR S.J., FEDAK G., 1993. Reproducibility of random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis among laboratories. PCR Methods Appl. 2: 341-345.
• PRZYKŁADY analiz DNA. 2001. Red. R. Słomski. Wyd. AR, Poznań.
• ROGERS J.S., 1972. Measures of genetic similarity and genetic distance. Stud. Genet. 7213: 145-153.
• ROGERS D.J., TANIMOTO T.T., 1960. A computer program for classifying plants. Science 132: 1115-1118.
• RUSSEL P.F., RAO T.R., 1940. On habitat and association of species of anopheline larvae in southeastern Madras. J. Malaria Inst. India 3: 153-178.
• SNEATH P.H.A., SOKAL R.R., 1973. Numerical taxonomy. Freeman, San Francisco.
• SWEENEY P.M., DANNEBERGER T.K., 1995. RAPD characterization of Poa annua L. populations in golf course greens and fairways. Crop Sci. 35: 1676-1680.
• THOMSON D., HENRY R., 1995. Single step protocol for preparation of plant tissue for analysis by PCR. BioTechniques 19: 394-400.
• VAN BELKUM A. 1994. DNA fingerprinting of medically important microorganisms by use of PCR. Clin. Microbiol. Rev. 7: 174-184.