Wykorzystanie techniki RAPD do konstruowania mapy sprzężeń u międzyliniowego mieszańca żyta

• Autorzy: Stojalowski S. , Lapinski M.

Warianty tytułu

EN

Application of RAPD technique to constructing the linkage map in interline cross of the rye

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Celem pracy było wykorzystanie markerów RAPD do skonstruowania nowej mapy sprzężeń dla populacji F₂ mieszańca między liniami wsobnymi żyta. W badaniach wykorzystano 1050 starterów 10-nukleotydowych o losowych sekwencjach. Spośród 704 wykrytych markerów różnicujących linie rodzicielskie, tylko 42 byty powtarzalne i segregowały w pokoleniu F₂ zgodnie z modelem jednogenowym. Analiza segregacji została zakończona utworzeniem 8 grup sprzężeń zawierających od 2 do 8 markerów. Łączna długość wszystkich grup sprzężeń wyniosła 211cM, co stanowi ok. 20% genomu żyta. Występowanie w utworzonych grupach sprzężeń markerów analogicznych (ta sama sekwencja startera i długość amplifikowanego produktu) do zmapowanych wcześniej na mieszańcu DS2 x RXL10, była podstawą do przypisania trzem grupom sprzężeń lokalizacji na chromosomach 1RS, 4RL i 7RL. Pozostałe grupy sprzężeń nie zostały na razie zlokalizowane na konkretnych chromosomach. Niska skuteczność mapowania techniką RAPD w dużym stopniu była rezultatem niedostatecznego zróżnicowania genetycznego pomiędzy liniami rodzicielskimi. Pomimo niewielkiego zaawansowania w konstruowaniu mapy genetycznej, dzięki analizie QTL, możliwe było wskazanie potencjalnych loci warunkujących wczesność kłoszenia. Zlokalizowano je na dwóch grupach sprzężeń: jednej przypisanej do chromosomu 7RL i drugiej, o niezidentyfikowanej dotąd lokalizacji.

EN

The study was aimed at constructing a new linkage map of RAPD markers on F₂ population of interline rye cross. A set of 1050 random 10-mer primers were applied in the study. From among of 704 markers differentiating parental lines only 42 were reproducible and showed in F2 mendelian segregations. Mapping analysis yielded in construction of 8 linkage groups containing from 2 to 8 markers. Total length of all linkage groups reached 211cM, that is approx. 20% of rye genome. The presence of co-migrating markers (the same primer and analogous length of amplified fragment) in constructed linkage groupswith those mapped formerly on DS2 x RXL10 population, let to assign three groups to 1RS, 4RL and 7RL chromosomes. The remaining linkage groups are still not assigned to specific chromosomes. Low effectiveness of RAPD technique in mapping analysis issued mainly from insufficient genetic diversity between parental lines. In spite of low advances in constructing genetic map, QTL analysis showed probable localizations of genes controlling heading earliness. They were localized on two linkage groups: first - assigned to 7RL chromosome and the second - not identified on specific chromosome.

• Wydawca: -
• Czasopismo: Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych
• Rocznik: 2002
• Tom: 488
• Numer: 1
• Opis fizyczny: s.153-159,rys.,tab.,bibliogr.

Twórcy

autor

Stojalowski S.

• Katedra Genetyki i Hodowli Roślin, Akademia Rolnicza, ul.Słowackiego 17, 71-434 Szczecin

autor

Lapinski M.

• Katedra Genetyki i Hodowli Roślin, Akademia Rolnicza, ul.Słowackiego 17, 71-434 Szczecin

Bibliografia

• DEVOS K.M., ATKINSON M.D., CHINOY C.N., FRANCIS H.A., HARCOURT R.L., KOEBNER R.M., LIU C.J., MASOJĆ P., XIE D.X., GALE M.D. 1993. Chromosomal rearrangements in the rye genome relative to that of wheat. Theor. Appl. Genet. 85: 673-680.
• GONZALES C., CAMACHO M.V., BENITO C. 2002. Chromosomal location of 46 new RAPD markers in rye (Secale cereale L.). Genetica 118: 205-211.
• KORZUN V., MALYSHEV S., KARTEL N., WESTERMANN T., WEBER W. E., V., BÖRNER A. 1998. A genetic linkage map of rye (Secale cereale L.). Theor. Appl. Genet. 96: 203-208.
• KORZUN V., MALYSHEV S., VOYLOKOV A. V., BÖRNER A. 2001. A genetic map of rye (Secale cereale L.) combining RFLP, isozyme, protein, microsatellite and gene loci. Theor. Appl. Genet. 102: 709-717.
• LANDER E. S., GREEN P., ABRAMSON J., BARLOW A., DALY M. J., LINCOLN S. E., NEWBURG L. 1987. Mapmaker: An interactive computer package for constructing primary genetic linkage maps of experimental and natural populations. Genomics 1: 174-181.
• LOARCE Y., HUEROS G., FERRER E. 1996. A molecular linkage map of rye. Theor. Appl. Genet. 93: 1112-1118.
• MASOJĆ P., MILCZARSKI P. 1999. Wykorzystanie mapy molekularnej genomu żyta i analizy QTL do identyfikacji genów warunkujących wczesność kłoszenia. Biul. IHAR 211: 205-210.
• MASOJĆ P., MYŚKÓW B., MILCZARSKI P. 2001. Extending a RFLP-based genetic map of rye using random amplified polymorphic DNA (RAPD) and isozyme markers. Theor. Appl. Genet. 102: 1273-1279.
• MILCZARSKI P., MASOJĆ R. 2001. Interval mapping of genes controlling growth of rye plants. Proceed, of the EUCARPIA Rye Meeting, July 4-7, 2001, Radzików, Poland: 327-332.
• MYŚKÓW B., MASOJĆ P., BANEK-TABOR A., SZOŁKOWSKI A. 2001. Genetic diversity of inbred rye lines by RAPD analysis. J. Appl. Genet. 42(1): 1-14.
• SAAL B., WRICKE G. 2002. Clustering of amplified fragment length polymorphism markers in a linkage map of rye. Plant Breed. 121: 117-123.
• SENFT P., WRICKE G. 1996. An extended genetic map of rye (Secale cereale L.). Plant Breed. 115: 508-510.
• THOMSON D., HENRY R. 1995. Single-step protocol for preparation of plant tissue for analysis by PCR. BioTechniques 19: 394-400.