Characterization of the rDNA sequence of rose thrips (Thrips major Uzel) and its phylogenetic analysis

• Autorzy: Jeszke A. , Fiedler Z. , Obrepalska-Steplowska A.

Warianty tytułu

PL

Poznanie sekwencji rDNA i analiza filogenetyczna wciornastka cyklamenowca (Thrips major Uzel)

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Thrips major jest polifagiem występującym na wszystkich kontynentach. W Polsce bytuje zarówno na roślinach uprawnych, jak i na roślinach ozdobnych i ziołach. Pomimo powszechnego występowania, niewiele fragmentów jego genomu zostało zsekwencjonowanych. Znajomość sekwencji rDNA (ribosomal deoxyribonucleic acid – rybosomalnego kwasu deoksyrybonukleinowego) jest istotna dla opracowania diagnostyki molekularnej umożliwiającej skuteczne odróżnienie go od innych gatunków wciornastków, stanowiących większe zagrożenie dla upraw na terenie Polski, m.in. Thrips tabaci i Frankliniella occidentalis. Celem pracy było poznanie sekwencji regionu 18S-ITS1-5,8S-ITS2-28S rDNA wciornastka T. major oraz jego analiza porównawcza i filogenetyczna. W pracy zaprojektowano parę starterów uniwersalnych dla wielu gatunków z podrodziny Thripinae, umożliwiającą powielenie fragmentu rDNA T. major. Przeprowadzono reakcje PCR (polymerase chain reaction – łańcuchową reakcję polimerazy), a uzyskane w nich produkty poddano sekwencjonowaniu. Wyniki analizowano przy pomocy narzędzi bioinformatycznych. Uzyskane sekwencje T. major zestawiono z poznanymi wcześniej sekwencjami takich gatunków, jak: T. tabaci, T. palmi, Scirtothrips dorsalis, Echinothrips americanus, Frankliniella schulzei, F. occidentalis i F. intonsa oraz przeprowadzono analizy filogenetyczne.

EN

Thrips major is a polyphagous insect, which occurs on each continent. In Poland T. major usually attacks crops, ornamental plants and herbs. Although it is very common pest, there are only few fragments of its sequence available. Knowledge about its rDNA (ribosomal deoxyribonucleic acid) sequence is needed to develop new diagnostic methods that could allow for successful differentiation between T. major and other thrips species such as Frankliniella occidentalis and Thrips tabaci, which post higher risk to cultivations in Poland. The aim of this work was the characterization of rDNA sequence of T. major, its comparison with other thrips species’ sequences followed by phylogenetic analysis. In this work new PCR (polymerase chain reaction) primers were designed which enabled rDNA fragment amplification from most of Thripinae subfamily species. PCR reaction was carried out and obtained products of amplification were sequenced, followed by bioinformatic analysis. Then, T. major 18S-ITS1-5,8S-ITS2-28S rDNA region sequences were compared with already known sequences of following thrip species: T. tabaci, T. palmi, Scirtothrips dorsalis, Echinothrips americanus, Frankliniella schulzei, F. occidentalis and F. intonsa and phylogenetic analyses were performed.

• Wydawca: -
• Czasopismo: Progress in Plant Protection
• Rocznik: 2013
• Tom: 53
• Numer: 4
• Opis fizyczny: s.655-658,rys.,tab.,fot.,bibliogr.

Twórcy

autor

Jeszke A.

autor

Fiedler Z.

autor

Obrepalska-Steplowska A.

Bibliografia

• Brunner P.C., Flemming C., Frey J.E. 2002. A molecular identification key for economically important thrips species (Thysanoptera: Thripidae) using direct sequencing and a PCR-RFLP-based approach. Agric. For. Entomol. 4: 127–136.
• Buckman R.S., Mound L.A., Whiting M.F. 2013. Phylogeny of thrips (Insecta: Thysanoptera) based on five molecular loci. System. Entomol. 38: 123–133.
• Liu Y.C. 2004. Molecular identification of a plant quarantine pest (Frankliniella occidentalis) by one-tube nested PCR targeting ribosomal DNA internal transcribed spacer regions. Zhi Wu Bao Hu Xue Hui Hui Kan 46: 27–46.
• Nicholas K.B., Nicholas H.B. 1997. GeneDoc, a tool for editing and annotating multiply sequence alignments. Pittsburgh Supercomputing Center's National Resource for Biomedical Supercomputing. http://www.nrbsc.org/downloads/. Accessed: 02.03.2007.
• Pobożniak M. 2005. Thrips species on white cabbage. Electronic J. Polish Agric. Univ. Hortic. 8 (4), p. 60.
• Pobożniak M., Sobolewska A. 2011. Biodiversity of thrips species (Thysanoptera) of flowering herbs in Cracow, Poland. J. Plant Prot. Res. 51 (4): 393–398.
• Stacey D.A., Fellowes M.D.E. 2002. Temperature and development rates of thrips. Evidence for a constraint on local adaptation? Eur. J. Entomol. 99: 399–404.
• Tamura K., Dudley J., Nei M., Kumar S. 2007. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Mol. Biol. Evol. 24: 1596–1599.
• Thompson D., Higgins D.G., Gibson T.J. 1994. CLUSTALW: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 22: 4673–4680.
• Zawirska I. 1994. Wciornastki – Thysanoptera. s. 145–175. W: „Diagnostyka szkodników roślin i ich wrogów naturalnych”. SGGW, Warszawa, 328 ss.

Uwagi

PL

Rekord w opracowaniu