SNPs polymorphisms in LGB, CSN3 and GHR genes in five goat breeds kept in Poland

• Autorzy: Strzelec E. , Niznikowski R.

Warianty tytułu

PL

Polimorfizm SNP w genach LGB, CSN3 i GHR u pięciu ras kóz utrzymywanych w Polsce

• Języki publikacji: EN

Abstrakty

EN

The aim of the study was to establish the frequencies of SNPs polymorphisms in β-lactoglobulin (LGB), κ-casein (CSN3) and growth hormone receptor (GHR) genes in five goat breeds kept in Poland. Blood samples from 24 farms possessing 27 goat flocks of the Alpine (A), Polish Fawn Improved (PFI), Saanen (S), Polish White Improved (PWI) and Boer (B) goat breeds were collected and used for genomic DNA extraction (219 samples in total; 32–49 samples per breed) due to the procedure proposed by the ECONOGENE consortium (2002). Researched SNPs were identifi ed due to the KASPar® technology (KBioscience, UK 2007). Genotypes and alleles frequencies were obtained and moreover the differences between breeds were estimated by the Chi-square test in SPSS 14.0 PL software. The results expressed the highest frequencies of “g:g” homozygots and “g” allele in LGB in milk breeds (PWI, PFI, S and A). Due to the CSN3 gene the high frequencies of “a:a” homozygots and “a” allele were observed in the Saanen, Polish White Improved and Boer goats. No “g” allele was presented in the B goat in CSN3 gene. The results showed three self-distinguishing groups of goat breeds: the colored (A and PFI), the white (S and PWI) and the meat (B) goats. The Boer goat (B) presented the significant genetic difference from the other milk breeds in all examined genes.

PL

Polimorfizm SNP w genach LGB, CSN3 i GHR u pięciu ras kóz utrzymywanych w Polsce*. Celem badań było ustalenie frekwencji polimorfizmów SNP w genach β-laktoglobuliny (LGB), κ-kazeiny (CSN3) oraz receptora hormonu wzrostu (GHR) u pięciu ras kóz utrzymywanych w Polsce. Z 24 gospodarstw mających w posiadaniu łącznie 27 stad pobrano próby krwi od kóz ras: alpejskiej (A), polskiej barwnej uszlachetnionej (PFI), saaneńskiej (S), polskiej białej uszlachetnionej (PWI) oraz od burskiej (B). Łącznie pobrano 219 prób krwi po 32–49 prób w rasie i następnie wyekstrahowano DNA genomowe wg procedury ekstrakcji zaproponowanej przez konsorcju ECONOGENE (2002). Poszczególne polimorfizmy SNP zostały określone za pomocą technologii KASPar® (KBioscience UK, 2007). Uzyskane wyniki posłużyły do określenia frekwencji genotypów i alleli w obrębie badanych genów. Wyniki zostały poddane analizie statystycznej za pomocą testu chi-kwadrat w programie SPSS v.14 (2006). Otrzymane wyniki wskazały najwyższą frekwencję homozygot „g:g” oraz allelu „g” w genie LGB u mleczych ras kóz (A, PFI, S oraz PWI). W przypadku genu CSN3 najwyższą frekwencją homozygot „a:a”, a także allelu „a” odznaczały się kozy ras saaneńskiej, polskiej białej uszlachetnionej oraz burskiej. W genie CSN3 nie odnotowano wystąpienia allelu „g” u kóz rasy burskiej. Podsumowując, uzyskane wyniki pozwoliły wskazać trzy samowyodrębniające się grupy rasowe kóz: barwne kozy mleczne (A i PFI), białe kozy mleczne (S i PWI) oraz kozę mięsną (B). Ponadto kozy rasy burskiej wykazały znaczącą odrębność genetyczną w stosunku do pozostałych ras kóz w obrębie badanych genów.

• Wydawca: -
• Czasopismo: Annals of Warsaw University of Life Sciences - SGGW. Animal Science
• Rocznik: 2011
• Tom: 49
• Opis fizyczny: p.181-188,fig.,ref.

Twórcy

autor

Strzelec E.

• Division of Sheep and Goat Breeding, Warsaw University of Life Sciences – SGGW, Ciszewskiego 8, 02-786 Warsaw, Poland

autor

Niznikowski R.

Bibliografia

• ANGULO C., DIAZ CARRILLO E., MUNOZ A., ALONSO A., JIMENEZ I., SERRADILLA J.M., 1994: Effect of electrophoretic goat’s K-casein polymorphism on milk yield and main components yield. V World Congress on Gene­tics Applied to Livestock Production, Guelph, 19, 333-336.
• BARLOWSKA J., LITWINCZUK Z., KÇDZIER- SKA-MATYSEK M., LITWINCZUK A., 2007: Polymorphism of caprine milk alphasl- casein to performance of four goat breeds. Pol. J. Vet. Sci. 10 (3), 159-164.
• CAPPUCCIO I., PARISET L., AJMONE-MAR- SAN P, DUNNER S., CORTES O., ER- HARDT G., LÜHKEN G., GUTSCHER K., JOOST S., NIJMAN I.J., LENSTRA J.A., ENGLAND P.R., ZUNDEL S., OBEXER- RUFF G., BEJA-PEREIRA A., VALENTI­NE A., THE ECONOGENE CONSORTIUM, 2006: Allele frequencies and diversity para­meters of 27 single nucleotide polymorphi­sms within and cross goat breeds. Mol. Ecol. Notes 6, 992-997.
• CAROLI A., JANN O., BUDELLI E., BOLLA P., JAGER S., ERHARDT G., 2001: Genetic po­lymorphism of goat [kappa]-casein (CSN3) in different breeds and characterisation at DNA level. Anim. Genet. 32 (4), 226-230.
• CHIATTI F., CHESSA S., BOLLA P., CIGNALI- NO G., CAROLI A., PAGNACCO G., 2007: Effect of K-casein polymorphism on milk com­position in the orobica goat. J. Dairy Sci., 90 (4), 1962-1966.
• COGAN J.D., PHILLIPS J.A., 1998: Growth di­sorders caused by genetic defects in the growth hormone pathway. Adv. Pediatr. 45, 337-361.
• ECONOGENE, 2002, from www.econogene.eu
• FRANCO M.M., ANTUNES R.C., SILVA H.D., GOULARDT L.R., 2005: Association of PIT1, GH and GHRH polymorphisms with perfor­mance and carcass traits in Landrace pigs. J. Appl. Genet. 46 (2), 195-200.
• GE W., DAVIS M.E., HINES H.C., IRVIN K.M., SIMMEN R.C.M., 2003: Association of sin­gle nucleotide polymorphisms in the growth hormone and growth hormone receptor genes with blood serum insulin-like growth factor I concentration and growth traits in Angus cattle. J. Anim. Sci. 81, 641-648.
• GUS, 2011. Bank danych regionalnych, www. stat.gov.pl
• HRADECKA E., REHOUT V., CITEK J., 2006: The polymorphism of growth hormone recep­tor gene in Holstein and Czech pied bulls. Acta fytotechnica at zootechnica - Mimoradne ci- slo, 224-227.
• JIANG H., OKAMURA C.S., LUCY M.C., 1999: Isolation and characterisation of a novel pro­moter for the bovine growth hormone receptor gene. J. Biol. Chem. 274 (12), 7893-7900.
• KASPar® TECHNOLOGY KBioscience, 2007: from www.kbioscience.co.uk.
• KURYŁ J., ŻUKOWSKI M., 1997: Genetic mar­kers in domestic farm animals (Polish) In Ani­mals biotechnology (in Polish) (eds. Zwierz- chowski L.), PWN, Warsaw.
• LENSTRA J.A., ECONOGENE CONSORTIUM, 2005: Evolutionary and demographic history of sheep and goats suggested by nuclear, mtD- NA and Y-chromosome markers. International workshop, 5-7 March 2005, Turin, Italy: „The role of biotechnology for the characterisation and conservation of crop, forestry, animals and fishery genetic recourses”, Villa Gualino, Tu­rin, Italy, 97-100.
• LUIKART G., GIELLY L., EXCOFFIER L., VI­GNE J.D., BOUVET J., TABERLET P, 2001: Multiple maternal origins and weak phyloge- nic structure in domestic goats. PNAS. 98 (10), 5927-5932.
• MAJ A., ZWIERZCHOWSKI L., 2005: A LINE-1 element insertion in the 5’-noncoding region of caprine growth hormone receptor gene. Bio- chem. Genet. 43, 465-470.
• MAJ A., ZWIERZCHOWSKI L., 2006: Molecu­lar evolution of coding and non-coding sequ­ences of the growth hormone receptor (GHR) gene in the family Bovidae. Folia biologica (Kraków), vol. 54, no 1-2, 31-36.
• MARTIN P., OLLIVIER-BOUSQUET M., GRO­SCLAUDE F., 1999: Genetic polymorphism of caseins: a tool to investigate casein micelle organization. Int. Dairy J. 9, 163-171.
• McLEAN D.M., GRAHAM E.R.B., PONZONI R.W., MCKENZIE H.A., 1984: Effects of milk protein genetic variants on milk field and com­position. J. Dairy Res. 51, 531-546.
• NG-KWAI-HANG K.F., HAYES J.F., MOXLEY J.E., MONARDES H.G., 1984: Association of genetic variants of casein and milk serum pro- teins with milk, fat and protein production by dairy cattle. J. Dairy Sci. 67, 835-840.
• NIMA TECHNICAL REPORT TR8350.2 (1984) Department of Defence World Geodetic Sys­tem1984, Its Definition and Relationships With Local Geodetic Systems, Third Edition, National Geospatial-Intelligence Agency.
• PIDANCIER N., JORDAN S., LUIKART G., TABERLET P., 2006: Evolutionary history of the genus Capra (Mammalia, Artiodactyla): Discordance between mitochondria DNA and Y-chromosome phylogenies. Mol Phylogenet and Evol 40, 739-749.
• PRINZENBERG E.M., GUTCHER K., CHESSA S., CAROLI A., ERHARDT G., 2005: Caprine K-casein (CSN3) polymorphism: new develop­ment in molecular knowledge. J. Dairy Sci. 88, 1490-1498.
• PZO, 2010. Hodowla owiec i kóz w Polsce w 2009 roku. Warszawa, 63-70.
• SŁOTA E., REJDUCH B., BUGNO M., RY­CHLIK T., ZĄBEK T., 2007: Characterization of animal genetic resources using molecular genetics methods. An. Animal Sci., Suppl. 1, 33-42.
• SPSS 14.0PL for Windows, v. 14.0.1 (2006).
• STRZELEC E., 2008: Polimorfizm wybranych genów u ras kóz utrzymywanych w różnych warunkach środowiskowych. Rozprawa dok­torska. SGGW w Warszawie, (maszynopis).
• STRZELEC E., NIŻNIKOWSKI R., 2009. Po­chodzenie, znaczenie hodowlane oraz charak­terystyka populacji kóz na świecie i w Polsce. Przeg. Hod., 4, 7-12.