The use of the real-time PCR technique for detection of the quarantine nematode Bursaphelenchus xylophilus

• Autorzy: Filipiak A. , Tomalak M.

Warianty tytułu

PL

Wykorzystanie techniki real-time PCR do wykrywania kwarantannowego gatunku nicienia Bursaphelenchus xylophilus

• Języki publikacji: PL

Abstrakty

PL

Reakcję real-time PCR (polymerase chain reaction) (reakcja łańcuchowa polimerazy) przeprowadzano z użyciem specyficznych starterów BSatF i BSatRV zaprojektowanych dla kwarantannowego nicienia Bursaphelenchus xylophilus oraz sondy TaqMan. Ocenę wiarygodności tej metody przeprowadzono poddając analizie próby DNA (deoxyribonucleic acid) (kwas deoksyrybonukleinowy) B. xylophilus oraz dwóch powszechnych w Europie i najbardziej zbliżonych do niego morfologicznie i molekularnie gatunków B. mucronatus i B. fraudulentus. W przeprowadzonych badaniach potwierdzono wysoką skuteczność zaprojektowanych starterów wraz z sondą TaqMan. Przy ich zastosowaniu wykrywano B. xylophilus na podstawie już minimalnej ilości DNA, dochodzącej do 3 pg. W żadnym stężeniu DNA nie wykrywano zaś pokrewnych jemu gatunków B. mucronatus oraz B. fraudulentus. Dzięki badaniu przyrostu ilości produktu reakcji PCR w czasie rzeczywistym analiza DNA jest znacznie mniej pracochłonna i szybsza niż pozostałe, wykorzystywane do tego celu metody. Włączenie real-time PCR do praktyki, jako metody identyfikacji kwarantannowego gatunku B. xylophilus umożliwia łatwą eliminację wszystkich pozostałych, zbliżonych morfologicznie nicieni mogących występować w próbach drewna i tym samym może okazać się bardzo wartościowym rozwiązaniem dla służb inspekcji granicznej.

EN

The real-time PCR (polymerase chain reaction) based on TaqMan chemistry was used to detect and distinguish Bursaphelenchus xylophilus from other wood-inhabiting nematode species of the xylophilus group. In the study reported here DNA (deoxyribonucleic acid) samples of B. xylophilus and two other most common in Europe and both morphologically and genetically similar nematode species, i.e. B. fraudulentus and B. mucronatus, were examined in detail. The study confirmed a high efficiency of the reaction primers and TaqMan probe. These components allowed detection of B. xylophilus in such small target DNA samples as 3 pg. In contrast, in none of the examined concentrations of DNA samples derived from B. mucronatus and B. fraudulentus any signal was produced. These results showed high sensitivity and specificity of the real-time PCR assay and its potential for rapid and accurate molecular identification of B. xylophilus, even in samples contaminated with DNA of other, most closely related nematode species. Therefore, we conclude that this technique could be of a great value to plant quarantine inspection.

• Wydawca: -
• Czasopismo: Progress in Plant Protection
• Rocznik: 2013
• Tom: 53
• Numer: 1
• Opis fizyczny: s.17-20,rys.,tab.,bibliogr.

Twórcy

autor

Filipiak A.

• Zakład Biologicznych Metod, Instytut Ochrony Roślin - Państwowy Instytut Badawczy, ul.Władysława Węgorka 20, 60-318 Poznań

autor

Tomalak M.

• Zakład Biologicznych Metod, Instytut Ochrony Roślin - Państwowy Instytut Badawczy, ul.Władysława Węgorka 20, 60-318 Poznań

Bibliografia

• Cao A.X., Liu X.Z., Zhu S.F., Lu B.S. 2005. Detection of the pinewood nematode, Bursaphelenchus xylophilus, using real-time PCR polymerase chain reaction assay. Phytopathology 95: 566–571.
• François C., Castagnone C., Boonham N., Tomlinson J., Lawson R., Hockland S., Quill J., Vieira P., Mota M., Castagnone-Sereno P. 2007. Satellite DNA as a target for TaqMan real-time PCR detection of the pinewood nematode, Bursaphelenchus xylophilus. Mol. Plant Pathol. 8: 803–809.
• Leal I., Green M., Allen E., Humble L., Rott M. 2007. Application of a real-time PCR method for the detection of pine wood, nematode, Bursaphelenchus xylophilus, in wood samples from lodgepole pine. Nematology 9: 351–362.
• Słomski R. 2011. Analiza DNA – Teoria i Praktyka. Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu, Poznań, 573 ss.
• Wiedro K., Stachowska E., Chlubek D. 2007. Łańcuchowa reakcja polimerazy z analizą w czasie rzeczywistym (RT–PCR). Rocz. Pomorskiej Akademii Medycznej w Szczecinie 53 (3): 5–9.

Uwagi

PL

Rekord w opracowaniu